Collection of Manually Curated Inferences of Regulons in Prokaryotic Genomes
-- version 3.2 --

Profile of regulator T-box(Trp) in Clostridiaceae

Properties
Regulator family: RF00230
Regulation mode:
Biological process: Amino acid metabolism
Effector: Trp-tRNA
Regulog: T-box(Trp) - Clostridiaceae
Member of regulog collections
Transcription factor binding sites
Locus Tag Name Position Score Sequence
Clostridium kluyveri DSM 555
CKL_1274 trpE -366 89.9 TAAATCCTATGAGCAGGAGTAGTAAGTATTATAATTTAGGCTAAGAGAGTCTGAGATGGTGGGATTCAGATGCTAATGTTAATGCCGAATGGATCTGTAAGGTGTGATGTGAATTAATAGTAGCAGTATCCGGTAGTCTACCGTTAAAAAGACAGGGTATCGAGAATATTTCTCCGTACCTGAAAGAGAGAGTTTTATTTGGGTGGCTAAGAAATTGGGCATTTCTTCCTAAAAGGGAGAAATGCTTTTTATTTTTGACTGTACCATCTAATATAAGATTAATATGGGTGGTACCGCGGAAAATACACTTCGTCCCTTTTAA
CKL_3062 trpB2 -316 110 AAATAAACTGATGAATAAGAATAGTATTCTAGAATTATATGTTTTTTAGAGAGTCGCAGCTTGGGTGAAATGCGATAACATTTATCTAGATGAATGGACTTATGAAGGCAGTCTGAAAGGATCTTTTCCAAGTAGGCACTGACGGAAACTCTACCCGTTATAAATTGAGCATATATTATCATGTATATGAAAAGAGTGGGTAATTTTTTACCAATTTGGGTGGTATCGCAGGAGTATGAGCTCTTGTCCCTTTT
CKL_0804 trpP -314 99.6 TAAATCCTTTGACGAGGAATAGTAGCTATGTTGTTGAATTCTAGAGAGTTGAGGAAGGTGGAATCTCAATATTACAACCTGTAGTGAATGGGCCTAAGAGGAGTAAATTGAAATCTATGTGTATAGAGAGTAGTGGTTAACGTTAGCCGTACGTTACAGCGGATAGGACATGTTAGTGTCTGATAAAGAGGTGTTTTAAAAAGCACAATTTAGGTGGTACCGCGGGTGATATCTCCGTCCTAGTTTT
Clostridium sp. SS2/1
CLOSS21_02587 trpX -308 117.2 AGAAACCGTTGAGAAAGAGTAGTAAGCAGGATCAGAATGATTCAAAGAGAGCTGCAGGTGGTGAGATTGCAGTATGATTTCCCTGGTGAATGGACTTTCGAGGGTGATTTTGAAAGTAACAAGTAGGAATCGCCGGGCACCCGACCCGTTACCAGAGTGGGCATGTATGATAGTATATGATTTAAGTGGACACACCTAGTGTCAATTTGAGTGGTACCGCGGATAATTCGCCTCAAGCAT
CLOSS21_01327 trpE -406 73.2 GATAAATCCGATGAACAAAAGTAAGTAGCTCATCAAACAGTCTTACAGAGAGTGACCGGTTGCTGGAAGGTCATAGATATGTGATAAGCGAATGGATTTGTGAGGAGCACAGAGAACTGTTTATGAAACTTAGTAACTGTCGCCGTTATCCCACGTTACGGGAACGAGA
Clostridium cellulolyticum H10
Ccel_3213 trpE -334 82 TTAAACCGTTGATGTGGAGATAACGGTGATACGTGCACTTACAGAGAGCAAGGGAAGCTGAGAGCCTTGCGGAACGCAGTACATCAAATGGACCACTGAGGGCGTAGTCAAATGGGGGACTTTTCCTTCCAGAGTATTCTACGACGTAGCACATGCGTTATATGTGGGAAATATGTTTGTATTTCGTAAAGCGTGTAAGATTTATTTTACTTACAAAACAAGGTGGCACCGCGGGTGAATTTTAGTACACTCGTCCTTGACTA
Clostridium phytofermentans ISDg
null trpS -326 108.9 AGATAAACCGATGATCAAGAGGAGTACATAAGTAAGGAGTTTTCAGAGAGCTGTTGTAGGTGGGAATACAGTAACGAGAACTTATGGAATGGACTTGTGAGGGCAACTTGAAACCGTAAGGAAGTAGATGTTGACGGAACCCCGGCCGTTATTAATGGGACTGCAATGAAAAACGTTGCAGATAGAGAGGGTGCTTTTGCACCAATCTGGGTGGTACCGCAGAAGTTTAGGCTTTTGTCCCTGAA
null trpB2 -446 85.2 TTTAAAACCGTTGACGAAGAGTAAGTACTTTTAGAAACTTGCTTTAAAGAGAGCTACAGATGGTGAGATTGTGGTAGGTAAAGGCTAAAAGGAATGGGCTTTGGAGGGCAAACTGAAATTTAGTAGGTGAGCCGGAGATAACCTCCGTTATCAAAGATAAGCATATGTTTGTATGCATAGAGTGGACGTTTAACGTCAAGCTGGGTGGCACCGCAGAAGTTCGATACTTTTGTCCCTGCA
Clostridium tetani E88
CTC00833 trpP -375 109.3 GAAATTCGTTGATAAGGAAGAGTAGTTAAAATTGATTATTTAAAGAGAGTTGAGGATGGTGGAAACTCAACAATATAGATTTTAATGAATGGGCCTTGTAGAAGTAAATCGAAATCTTTAATGTAAAGAGAGTAGTAATTATCGGAAACCTACCGTTAGAAAGGGAAGGATATGTTAGTATCCTGTAAAAGAGGTGCATTTTGCACAATTTAGGTGGTACCGCGAATAATACCTTCGTCCTAGTTTT
Clostridium acetobutylicum ATCC 824
CAC0626 trpS -279 95.3 TAAAATCGATGAGAAGAAGAGTAAATTTAAAAACAAAATTAAAGAGAACTGTGAATTGGTGAAAGTGCAGTATTTATGATTAAATTGAATGGGTCTTTGAGATTTGAAGTGAAAGTATATAATTTATATTATTAATTTCAAACGTAAACCGCGTTAAGGAAGAAAAGATTACATTATTTTGAGGGGAGTTATGCTCCTGAAAATAGGTGGTACCGCGTGAAATATACACGCCCTATAGAA
CAC3617 trpP -382 109.4 TAAATCCTTTGATAAGGAAGAGTAGCCATAGAATTTAGTTAAAGAGAGCTGAGGGTGGTGTGATCTCAGTACAATAATTGTTGGTGAATGGACCTTTTAGGAGTAAATCGAAATCCAAACGGAGAGTAGTGGTTAACGTTTGCCGTACGTTATAACGGATAGAGTATGTTAGTACTTGAAATAAGCGATGCTTTTTTAAGCATAATTTAGGTGGTACCGCGGAAGTATCTCCGTCCTAATTAA
CAC3163 trpE -395 100.4 ATACAAGTCTGTGAATAGAAGTAGTAGCTATTAAGAAATTGGTTAAAGCGAGTCGGGTTAGTGTGAGCCGGTACCGTAGCTTGTAGTGAATGGATCTATGAGACGATGCTGTGAAAGAGGTATTCAGTAGTAGCATTCGGAAAGTCTACCGTTAAAAGGACAGGATATCGAAATTGTAATTTCCGTATCTGTAAAAGATGATCTATTTATTTACTTAGATTAAAATGGGTGGCACCACGGACCACTTCGTCCCATAC
Clostridium botulinum A str. ATCC 3502
CBO3331 trpS -288 97.2 TTAATATTTTAAGAAGGGAAAAAGTAGGTTTAAAAACAAACTTAAAGAGAGCTGTAGAGGGTGGAATTACAGTAGTTATGATTAGACTGAATGGGCCCCGGAAAACCTAAGTGAAATAAAAGTAGCTCTAGGCGTAAGTCTTACGTTATAAAGATAGAATTTTATATTCGTAGAGGAGAGATTTAAAGTTTCTTGAATATAGGTGGTACCGCGATAATTCGCCCTATAA
CBO2919 trpP -478 105.6 CTAATTCATTGATAAGGAAGAGTAACTAAGATAAATATTCAAAGAGAGTTAAGGATGCTGGAATCTTAACAATAGAAGTTTTAGTGAATGGACCTTGGAGAAATAAAGCGAAATCTTATATAGAAAGTAGTATTTATCGGGAGCCTGCCGTTAAAAGGGATAGGGTATGTTAGTACCTGAATTTGAGATATGTTTAAATTACTATTATTTAAGCATAAATTAGGTGGCACCGCGAATATAATCTTCGTCCTAATGAT
Clostridium novyi NT
NT01CX_1342 trpB -375 60.2 ACAAGTCATTGACTGGAAGTAGTAGCTTTAAGTATTTGTTTCAGCGAGTTGGAGTTAGGTGTGATGTCCAATAACAAATCTTATAGTGAATGGATCCATGAGACGCTAGGTGAAATTTTTTAGAGTAGCTAATGCCGTGATTCTCACGTTATAGAGATAGGATATAT
NT01CX_0132 trpP -383 93.7 TAAAATCGTGGATCAGGATTAGTACCTAAAGTACTAAGTTCTAGAGAGTTGAGGATGGTGGAATCTCAATACAATAGACTTTAGCGAATGGACCTGTTAGATGTAAGCCGAAATCATTTTGAAAGTAGTCTTTACCGTGTTTCGCACGTTATAGCGATAGGATATGTTAGTATCTGAAAGAGATGTATTATTAAATAATTTTATTTTTAATAATATAATTTAGGTGGCAACGCGAATACACTTCGCCCTATTATT
Clostridium perfringens ATCC 13124
CPF_0614 trpS -345 119 AAATATCAATGACAAGAATTAGTAAACTTAAAAACAAACTTTAAGAGAGTCATATGTTTGCTGGGAGTATGATAGTTATGATTAAGTTGAATGGATCTTCGAGATGTTTAGAGGAATTTTAGTATTCTAAATCGTAATTCTTACGTTACAAGAAAGAGATACAAAGAATTTTCTTTGTAACATTAGGTGGTACCGCGATATATTCGTCCTATAAGT
Clostridium difficile 630
CD1988 trpP -415 87.4 ATTAAATCCTATGACAAGGAAGAGTAGTTAAATTTAGGTTCAGTATAGAGAGCTGAGGATGGTGGAATCTTAGCAAGAAAAAATTTGATGAATGGCCCTTAGAGGAATAAATTGAAATCATAGTTTTGAGAGTAGACTTTATCGTCAGTCGCACGTTATAGCGAATAAGGTATGTAAGTACCTGATAATGAGATGTATGAAAATTGAATTTTATATTAATTTTTATATAATTTAGGTGGCAACGCGGATAATCTCCGTCCTATTA
CD2611 mtnN -284 86.8 ATTAAATCCTGAGATAAGAAATAGTAAATAAATATATTTTTGCACAGAGAATTAAGGATGCTGAGAACTTAATAAAAAGTATTTATTGAATGGGTCTTTGAGGAGTAAAATGAAATGTAATTTAAGATTACAGAGTATTTGATATCGTGTATGCACGTTATAGCATATATTAAGATATATATATTCAATTTTGAGTGTATATAAATTTAGGTGGTACCACGGAAAATATATCCGTCCTATTG
Clostridium beijerincki NCIMB 8052
Cbei_0652 trpP -408 103.7 TAAATCCTATGAAGAGGGATAGTAATCATATAACAATGTTAAAGAGAGCTGAAGGTGGTGAGATTTCAGTACGGTAGTTAATGATGAATGGGCCTTTGAGGAGCGAGATGAAATCTTTTGAGAGTAGTTTAGCCGTAAGTCGCACGTTATAGCGAATAAGATATGTTTGTATCTGAAATGAGAGGCATTTTATGCAATCTAGGTGGCAACGCGGATAATATCCGTCCTATTAAT
Cbei_1749 trpE -193 19.1 AATATAGAGTTAGAAGTAAAAGTATTTACTATTCGCCATATTAAATTTGACTATTATTTAAAGATTAAAGTAGCTATGAGAAATACCGTTTAGATTGTATTTGATTTTGGGTGGCATAACGAGTCACTTCGTCCCAATATT
Clostridium sp. OhILAs
Clos_2702 trpX -346 120.8 TAAAGGCGTTGACGGAGAGAAACTTATTGAGGGTTATTTACAGAGAGTTGGGAATGGTGAGAACCAACAATAAACAGATAAGAGATATACACTCCTGAGCTGATTTGCTGAACGTGAATTCAAGTAGGTAAATCCGAAGGCCCATCGTTATCGGGGCTAGGACTGTTAGGTCTGATTGAGTGATGACTTTGTCATAATTAGGGTGGTACCGCGCGGATTATATCCTTCGTCCCTATAAA
Clos_2705 trpX -340 111.8 TAAAAGCGTTGATGAAGAGAAACTTATCTCAGATTATTTACAGAGAGTTGGGTACGGTGGAAACCAACAATAACAGGATAAGATATATTCACTTCTAAGCTGGTTTGCTGAACGGAAATTCAAGTAGGTGAACCCGAATGCCCATCGTTATCAGGGATAGGACTGTTAGGTCTGATTGAGTGATGACTTCGTCATAATTAGGGTGGTACCGCGCGGAATAATATCCTTCGTCCCTATAAA
Clos_2123 trpS -288 106.9 TGAAAAAGCAATGATTAAGAAGAGTAGCTGTAATACGATCCTTTAGCGAGCCGGAGATGGTGGAAGTTCGGTGCTTAGTACACAGTGAATGGGCTTATGAGTGCTGGCTGAAATTGTAGTAGGCTAAGACGGTGTTCCTCCGTTATAGGGAATGTTGAAGGATCAACAGTAAGTAGAATGCTTTGCATTAACTAGAGTGGTACCGCGGAGAATAACTCTTCGTCTCTAAA
Clostridium sp. L2-50
CLOL250_01008 trpE -382 91.9 AAACAAACCAATGAGCAAGAAGAGTAGCTTATGAACAACATGTCCAGAGAACTGCAGGTGGTGAGATTGCAGTGATGATTTCTTAAGTGAATGGACTTGCGAGGGCAAACCGAACGAGCGAATCTAGTAGGGGCGACGGAGACTTCCCGTTATAGAAAGTACATATATGTTAGTATATGGTTGAGTGCATCAGATTTTGATGAATATAGGTGGCACCGCAGGAGTGTTGTATTTGTATCTTGTCCTATAA
CLOL250_01451 trpB2 -481 72.5 TTAAACCGTTGAAGGAGAGTAAGTACATGATGCGACAAACATCCCAGAGAGCTGCCGCCGGTGGAAGGCAGTATGTTTTCCATGATGGAATGGACTCCCGAGGGCAAGCTGAACGATGTGGTACGATTCCTGTATATGCATTCTGTATGTAAGCCGGAGATGATACTCCGTTAAGAACGAGATATCTGTAATGTATGTATTTGCAGACAATGAGCGGGCGTATCTGATACGTCAAGCCGGGTGGCACCGCAGGAAACAGTTTCTAATGAACAATCTCCTGTCCCAGCATT
Clostridium scindens ATCC 35704
CLOSCI_01265 trpX -321 98.8 TAAAACCGTTGAGAAAGAAGAGTAGATTATCGAATGACATCAAAGAGAGCGGCTGATGGTGGGATTGCCGTATGGAGTTGATGATTGAATGGCCTTTCGAGGGCAGCCGGAAACCGTAAGAGAGTATGGCTTGTCGGGAACCGAACCCGTTATCAATCAGGAGTGTATGTTAGTACATGAGAAAAGTGGACGATTCGTCAATTTGAGTGGTACCGCGATAATGTAGTTTATTACCGCCTCAAACCT
Clostridium nexile DSM 1787
CLONEX_03129 trpE -394 84.3 CGTCAAACCGTTGAAGCGGAGATAACGGCAATGATGCCTTTACAGAGAGTTTGGGATGCTGAGAACCAGATGAGAAACAAGTTGTCAAATGGACCGCGGAGGGTGCAGTCAAATGTAAAGTTTATATTTACAGAGTATTCTGCAACGTGTAGGCATACGTCAGTTGCCGAGGGTATGTTTGTATCCTGCTAAGAGCACGGAGATTCCGTGAATTCAAGGTGGCACCGCGGATTGTGTCGTACCTGTTATACATGTACACTATTCGTCCTTGAC
CLONEX_00452 trpB2 -345 84.6 AAATAAACCGATGAGGAAGAGTAAGTATCTTCAGTGTTTGCTTCACAGAGAACTGCAGATGGTGGGAGTGCAGTAAGATGTAGCTGTAGAGAATGGGCTTCCGAGGGCGAGCTGAACGGCAAAGATTTACAGTAGGTGAGCCGGAGACAGTACTCCGTTAACAAAGTTCGCATATGTCAGTATGCATAAGTGGGTATATAGTGAAAGATATACCAAGCCGGGTGGCACCGCAGGAGTTGAATTATGTACTCTTGTCCCTGCA
Clostridium leptum DSM 753
CLOLEP_01664 trpE -453 88.9 ATTCAAACCGTTGAAGCGGAGATAACGGCAATGATGCCTTTACAGAGAGCCTGCGATGCTGAGAATCAGGCAAGAAACAAGTTGTCAAATGGACCGCTGAGGGCGCAGTCAAATGTGATTCTCACAGAGTATTCTGCGACGTTGCAGGCAGACGTCATTTGCCGAGGATATGTTGGTATCCTGCTAAGCGCACGGGTCATACCGTGAACCAAGGTGGCACCGCGGATAAATGTTTTATTCGTCCTTGAC
CLOLEP_00758 trpB2 -194 100.7 AGAAACCGTGGAGCAAGAAAAGTAAGTAAAGACGGGTGTATCAGAGAGCCGCTGGCTGGTGTGAATGCGGCAGCATAGAATTTACTGAATGGCCTTGCGAGGGCGGCCTGAAACCGAAAGATTCGGGAGTAGGCGTCGACGGGAGCCCTGTCCGTTATCAGCGGGGTGCATATGATAGTATGTAAATTGAGTGGATGGTTATAATCATCAAACCGGGTGGTACCGCAGAAGTTAAGGCTTTTGTCCCAGTAAT
Clostridium hiranonis DSM 13275
CLOHIR_01115 mtnN -262 101.4 TAAATCCTAAGACTGGAGAGAGTAGTCGGGTTGAGTTTGATACAGAGAGTTGCAAGTAGCTGAGATTGCAGCATAAATAAATTCGGTGAATGGGTCCACGAGGAGATAGGTGAATTATAGTAGCCGAACCGTCACTGCACGTTACGCAGAAGAGAGATACACGATAAGTGTATAATTTAGGTGGTACCGCGGTAATATCGTCCTAGTGTT
CLOHIR_00214 trpP -381 103.8 AGTAAATTCTTTGACGAGGAAGAGTAACTGTTTTTAGGTTCAATACAGAGAGTTGACGTTGGTGAGAGTCAGCAAGAAGGAAAATAGTGAATGGGCCTTAGAGAACCGGATTGAAATATTTTTAAAGTAGACTCCGGCGTTTGGTGTACGTTACAACACACAGAATATGTTAGTATTCTTACAGAGATGTATTTCTTGTATAATTTTACAAGATATACGAATTTAGGTGGCAACGCGAATTAATACTTCGTCCTATAT
Clostridium butyricum 5521
CBY_1065 trpE -130 22.7 AAATTTGGGTGGCACCACGAGTCACTTCGTCCCA
CBY_3915 trpS -350 76.5 AATAAATCCAATGAAAAGGAAGAGTAGTTAAGTTAAGGTTCAATAAAGAGAACTAGGGATGGTGTAATCCTAGTAAGAAGGACTTAATGAATGGGCCTTGGAGGAATTAAGGGAAATCTGTTAGAAATTATTTTAACAGAAAGTATCTGATATGGTAGCTGCACCTTACAGCAGAAGCATTAATAGTATTATAATCTATAGATGTGAAATTTATATTGTAATTTTGTGCTGTATTTTATGCACATTTTAGGTGGTACAACGGATATATCTCCGTCCTATTT
CBY_3675 trpP -456 92.3 ATTAAATTCCAGGAAGAGGAAGAGTAGTCAGGATGCAATGTCAAAGAGAGCTGGAGATGGTGAGATTTCAGCACAGTAGCTAATGGTGAATGGGCCTCTGAGAAGCAAGATGAAATCTATTTAAATTTGGAGAGTAGTTGCGCCGTGTGTCGCACGTTATAGCGAATAGAGTATGTTAGTACTTGAAGTTGAGTGGTATTTTTGTTAAAGAAGATACAATTTAGGTGGCAACGCGGATATAATCCGTCCTATTT
Clostridium bolteae ATCC BAA-613
CLOBOL_01967 trpX -370 107.9 TTAAACCGTAGAGAAAGAGGAGTAAGCTATCAAAGCTTTAACACAGAGAGCCGCAGGCGGTGGGATTGCGGTATGGGGCTGGCAGCTGAATGGACTTTTGAGGGCGGTCTTGAAGGATTGTTTTATCTGTAGGGACCGACGGATTCCGCAACCGTTATACATGTGGCGCATATGTTGGTATGTGTAAAGTGGACTTTTTAGTCAATTTGAGTGGCACCGCGGATTTCATTCGTCTCAATCGT
CLOBOL_04492 trpE -486 68.9 TAAAAAACTGTTGAGCAGGAGTAAGTAAGATTGTAATTCCAGGCGCAGAGAGCTTCCGGCCGGTGTAAGGGAGCATTGGATTAGAGTCTGAATGGACCTGCGAGGGCAGCTGGAAACCAGGGTCATAGAGATATGTCTGATGGGAGTATGGGCTGACGGGTATCCCACCGTTACCAGGGAGAACGCATGATGGTGCGTTGCAGAGCGGGCGTATTTTATTTCTTTGTTCGATGACACAGCATCAGGTTAATTTTAACTTGATGCTTTTTTAATTCCCAGACCGGAGAATGGCGGGGAGAGTGCAGGACATGGAAAGCGCCAACCAGGGTGGTACCGCAGAAGCCGGAAGAAGCTTTTGTCCCTGCT
Clostridium bartlettii DSM 16795
CLOBAR_02812 trpB2 -310 97.9 AATCAAACCGATGAGTAAGAAGAGTAGATGCAATAATTATTTTATAGAGAGTTGTGGATGGTGGAATCATGACAAATAACTTGTATTGAATGGACTTACGAGGGCAGAATGAAAGGTGTATCTTAGTAGTATCTGACGGGAACTCCATCCGTTATCACAGGAGCATATATGATAGTATATGAGATGAGTGGGTCTTTATGATCAATTAGGGTGGTACCGCAGAAGCAGAAGATATGACTTTTGTCCCAATT
CLOBAR_00345 trpS -314 106.2 TAAATCCATTGAGAAGGAAGAGTAATTAAATTTAGGTTCGATATAGAGAGTTGAGGATGGTGGAATCTCAACAAGAAGGGATTTAACGAATGGGCCTTTTAGGAGTAAATTGAAATCTTTATGAGAGTAGACTTTACCGTGTGTTGCACGTTACAGCAATTGAGGTATGATAGTACCAATAATTAAGCGGTGTATTTTAATACACAATTTAGGTGGCAACGCGGATATAACACTTCGTCCTAGAGTT
CLOBAR_01747 trpP -462 114.8 TAAATCCTTTGAAGAGGGAGAGTAATTAAATTTAGGTTCAATATAGAGAGTTGAGGATGGTGGAATCTCAACAAGAAAAAGTTTAATGAATGGGCCTCTGAGGAGTAAATTGAAATCATATTTTGAGAGTAGATTTTACCGTGATCGCACGTTACAGCGAAGAAGTATGTTGGTACTTTATTGAGAGGTATATATTTATTATATACAAATTAGGTGGCAACGCGGAATATATGCTCCGTCCTATTGAT
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