Collection of Manually Curated Inferences of Regulons in Prokaryotic Genomes
-- version 3.2 --

Profile of regulator PyrR in Lactobacillaceae

Properties
Regulator family: RF00515
Regulation mode:
Biological process: Pyrimidine metabolism
Effector: PyrR
Regulog: PyrR - Lactobacillaceae
Member of regulog collections
Transcription factor binding sites
Locus Tag Name Position Score Sequence
Lactobacillus reuteri JCM 1112
LAR_0117 pyrB -292 59.6 ATACCTTTAACTTAGTCCCGTGAGGCTAGGAAGGATTTAATTGAGCGTTTAAGTACACCTTCTTAGCTATTGCTGAGAAGGTTTTTCTTTTAA
LAR_0247 codB -140 47.8 GTTCTTTTAATGTAGCCCAGAGAGACTACAAAAGACAAAATAATATAAGCATAGTGGGCACAAAACTATGCTTCCTCTTTTGTAAAGCTCTAGGACCATTAAAGGGACTAGAGCTTTTTTAGGTC
LAR_0117 pyrB -148 40 CGACCATTTAATTGTTTCCAGAGAGAGCAGAACGGTATGTTGTTTTTAGCCTACTTATATCCTAAAAGCAAACAGTGATGACTCTCGAAATTTAAATGGGAAGTTATCACTGTTTTGT
LAR_0081 carA -198 49.9 ATTATCCTTTAATTTGGTCCCGTGAGGCTAACAAGGGCAGCGTTGTATTACTAACATTGAATCATACATATATATTCAATTTTTCGTATACGCTTAAGCCCATTACCAATGGTTTAAGCGTTTTTTAT
LAR_0450 pyrP -94 57.8 AGACCTTTAATCGGAGTCCTGTGAGGCTTCAAAGGTGCGGATAAATTCTCAATACTCTTTCCATAGTTAGGATTGGGCAGAGGAAGAGACGACTTTGGAGCAGGGATTCCAAGGTCGTTTTTTCTTTA
Lactobacillus helveticus DPC 4571
lhv_1446 pyrB -125 46.8 ATCAACCATTTAATTGACTCCAGAGAGGGCCAGAAGGGTTGCTTAGTTTTTCGTATACAAAAATACGGAGAAGAAGCCTGGAGCAATTAAATGCTTCAGGCTTCTTTTGA
lhv_1447 pyrR -124 56.5 AATGTCCTTTAAAATTAGTCCCGTGAGGCTAGCAAGGCAGGCTTAAATAGTTTTACTTTACTAAAAGCTCCTAGTCTCAATGTAGGCCGGGAGCTTTTTTCAT
lhv_0582 pyrR -142 56.7 GATGCCCTTTAAAGTTAGTCCCGTGAGGCTAAGAAGGAAATCTGCATTAACTAGGCTTTTTTGTGCTAGTAATAACAGAAAGACCATCTTTGACTCCGTGTTCAGGTGGTCTTTTTCCT
lhv_2938 pyrF -118 26.3 CAAACTTTAAACGGTACAGAGAGACCGCAAGTTCAAAATATTGGCTTAAATTTATCTAGGGAAAGTCTATACCTGGTATCTCTCTGCACTGGTATAGACTTTTTTGTAT
Lactobacillus fermentum IFO 3956
LAF_1205 pyrB -269 59 GATGTCCTTTAAGCTAGTCCCGTGAGGCTAGAAAGGTAACGGAGAAATTGCCCAGTTTGGGCCACCGTTGAACCCTTCACTTGCGGAATGCGAGTGGAGGGTTTTCTT
LAF_0046 pyrR -106 30.8 ATGCCTTTAAGTGGATCCCGTGAGGTCACAAGGACGGAGAAATTGGTTAGCGCCGCCTTGGGGACTCTGGGGGGCGCTTTTGTTA
LAF_0047 pyrF -116 45.4 TCACCATTTAAGTAACTCCAGCGAGGGTGCAAGGGTGAAGTGGGCCGTTAGTGCGGTGCCTTTTTCATGGCTTCTCCCTTCCTGGGGGAAGCCTTTTTGTTTAG
LAF_0434 pyrP -115 43.3 AGTCCTTTAATGGAATCCCGTGAGGTTCTAAAGGGTCGGTCAAATCGCGAATAATTCGTGCCGTGCGCCTTTGGAACAGTGGATGTCCAAAGGCGTTTTTGTATGG
LAF_1205 pyrB -146 38.4 ATAAACCATCAAATTGCTCCAGCGAGGGCAAAATGGTTACGCTTTCCGGATTAAAGACGGTAGTGGTAACGATTAACCTCCCTGGAGCAGCGCCAAGTTGCCCCGGGGAGGTTTTTTCTTT
LAF_0911 codB -109 49.7 AAGTCTTTAACGACGTCCAGAGAGGCGGCGAAGACGATAAAAGATGGGTGTAGTCCCGTCATTTAGAATCCTCGCCACCCGGGCGGGGATTTTTTTGAAGGA
Lactobacillus salivarius subsp. salivarius UCC118
LSL_0190 pyrB -303 48.3 AAACCTTTAAGAATAGTCCAGAGAGGCTAAGAAGGAAGCGTCTTTTTTAAGAGCTCGGATAAAGTATACTGATTGAAGCATAGTTAATTACTGTGATCTTCTATTTATACCTACGCTTAGTTTGGACAATTCTAAACTAAGTGTTTTTTTTA
LSL_0190 pyrB -135 37.7 AAACCATTTAATTGTTTCCAGAGAGTGCAAAAAGGTTTTATAAGATGCGATATAACTGTATACAAATGGATGTCGTATAAACTTTTACCCCGGAAATGATTATTTCCGGGGTATTTTTTATTA
LSL_0827 pyrR -176 39.4 AGTCCTTTAAACTAGTCCCGTGAGGCTGAAAAGGTATAATGCTTATTTAAGCTTATAGTGTATATTAATATAAAAATGAAATTAATACGCGGACTAGGACTGATTTGTTCTAGTCCTTTTATTTTTT
Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC BAA-365
LBUL_1953 pyrB -125 46.8 ATCAACCATTTAATTGACTCCAGAGAGGGCCAGAAGGGTTGCTTAGTTTTTCGTATACAAAAATACGGAGAAGAAGCCTGGAGCAATTAAATGCTTCAGGCTTCTTTTGA
LBUL_1422 pyrF -140 19.2 TGAGCTTTAATTGGTACAGAGAGACCACAAGCAGCACAATCTTTTTGGTATGCACGCATTCTGCCCGCCTGGGGTCTCTGTAGACTCTGGCGGGCTTTTCTTA
LBUL_1954 pyrR -116 50 AATGTCCTTTAAAATTAGTCCCGTGAGGTTAGCAAGGCAGGCATAAATATTACTAAAAGCTCCTAGTCTCAATGTAGGCCGGGAGCTTTTTTCAT
LBUL_0487 pyrP -79 41 GAACCTTTAAATTCAGTCCCGTGAGGCTGACAAGGACATTTCTGTTCCGGGTTCCAGTATTTGAAAAGGAAGATTTCTTTTGAAA
Lactobacillus acidophilus NCFM
LBA1383 pyrR -133 63.5 AATGTCCTTTAAAATTAGTCCCGTGAGGCTAGCAAGGCAGGCTTAAATAAAAGTTTTGACTTTACTGAAAGCTCCTAGTCTCAAAGTAGACTGGGAGCTTTTTTCAT
LBA1382 pyrB -123 40.1 CCCAACCATTTAATTGACTCCAGAGAGGGCCAGAAAGGTTGCTTAGTTTTTCGTATACCAAAATACGGAAAAAGGCCTGGAGTAATTAAATGCTTCAGGCTTTTTTGTT
LBA0563 pyrR -147 63 GATGACCTTTAAAATTAGTCCCGTGAGGCTAAGAAGGAAATCTGCGTGTGCTAGTCTTTTTTGTGCTAGCAGAAACAGAAAGACCATCTTGGACTCAGTGTCCTTGGTGGTCTTTTTCTT
LBA1386 pyrF -118 23.1 CAAACTTTAAACGGTACAGAGAGACCGCAAGTTCACAATATTGGCTTAAATTTAGATAGTGAAAGTCTATACTTAGTGTCTCTCTGCGCTTGGTATAGACTTTTTTTGTGG
Lactobacillus johnsonii NCC 533
LJ1280 pyrR -98 61.1 AATGTCCTTTAAAATTAGTCCCGTGAGGCTAGCAAGGCAGGCTTAAATAAGTATGACTTAACTATAAGCTCCTAGTCTCAAGAACTAGGAGCTTTTTTATG
LJ1279 pyrB -126 46.5 GTCAACCATTTAATTGACTCCAGAGAGGGCCAGAAGGGTTGCTATATTTTTCGTATGCAAGAATATGAAAAATAGGCCTGGAGCAATTAAATGCTTCAGGCCTTTTTGCT
LJ0709 pyrP -158 55.6 GATGACCTTTAATATAGTCCCGTGAGGCTATCAAGGAAATCTGCGCGTAAACTATTTTTTGACATAGTTTTAAACAGAAACGACTATCTTAAAGGAAACTTCTTTAGATAGTCGTTTTTT
LJ1282 pyrF -115 25.8 TAAACTTTAAACGGTACAGAGAGACCGCAAGTTAGAATTATTGGCTTAAATTATCTGGGAAAGTCTATACCTAGTGTCTCTCTGCGCTTGGTATAGATTTTTTTA
Lactobacillus plantarum WCFS1
lp_2704 pyrR -141 59 AAGCACCTTTAACTTAGTCCTGTGAGGCTAACAAGGGGAACGGTCATGTAGGGTCTCCCACGCTTTTCGCAGGAAAACAGGGTGACTCTTTTTT
lp_2371 pyrP -146 59.8 CAGTTCCTTTAAATTAGCTCAGAGAGGCTGAAAAGGATGAACGGACGTGCGCTTTCAAGCAAGCTGTGCGTAATTTCGGACAGCCTAGCCGCTTTGAGTGGTGGGCTGTCTTTTCT
lp_1782 pyrR -143 25.4 CGTCCTTTAATCCGGCCCTGCGAGACTGAAAGGCAAACTGTTAACAATAACTTTTCGTCGACGGCCGTGACACCTTGTCCGGCCGTCTTTCTTTGT
lp_2703 pyrB -136 42.7 TAAAACCATTTAATTGTTTCCAGAGAGGAACGAAACGGTTTGGTCATGCGTGACCACTTAATCGGAGTCTAGCCTCTTTGCAAACATTTTTGCGGAAGCTAGACTTTTTTTA
Lactobacillus casei ATCC 334
LSEI_1457 pyrR -325 56.8 AAGCACCTTTAACTAAGTCCAGTGAGGCTTAGAAGGTCCATTCCGCTGCGGCGGATTATTCAGGCTACGGTCGCCTTCTATCCCAAATTGGATTGAAGGCGACTTTTT
Lactobacillus brevis ATCC 367
LVIS_0487 pyrG -125 17.8 GCTCCTTGCTACTTGTAGTGAGGACAACTGAACGGTGAGCTCCCTATTCGCAATGGATAGGGAGCTTTTTTATAG
LVIS_0416 ntd -146 51.2 AGTCCTTTTAAATTAGTCCCGTGAGGCTAATAAGGGTCCGGTAGAATTCATTGATGAAATGAAGCTAGCGGTCTAAATCCTTGCGGAATTTGGACCGCTTTTTTTA
LVIS_2229 pyrF -129 46.3 ATCAAACTTTAATTTAGCCCTGTGAGACTAAAAAGGTGAACGGAAATGGCCCTCAGTAGATGAGTGGGTCTATAGCCGGTTAGCCTAATACGGGGCTAACCGGCTTTTTTTG
LVIS_1729 pyrP -128 47.3 ATAGTCCTTTAATATTGTCCCGTGAGGCAATGAAGGTACGACGTTTCTGGCGCAAGCTGGGCTTAATTGGCGTACACGTTTCCTTACGGGACGGGTGCGCTTTTTT
Lactobacillus sakei subsp. sakei 23K
LSA1629 pyrG -153 19.9 TATATTCTATGGGCGCTTTACAATTATTTGTGAAGCCAGAATCGGTTAACAAGCTCCCTGTTCATTTTGAATAGGGAGCTTGTTTTT
LSA1211 codB -122 56.3 TAATTCCTTTTAAGTGCAGTCCAGAGAGGCTGACAAAGGAGCGACTATCGGGATTTAATGGCCTCGCTCTGTTTTGGAGTGGGCCTTTTTTGTT
LSA0951 pyrP -169 41 GAACCGTTTAATTGTCTCCAGAGAGAGCAAAAGGGTTTGCCCGCATAATTGGCGAAAACTGACTAGCATCAGTTCGCCCACTATGCGTCCAAAGGACATACCCGCAGAGTAGGGATGTCCTTTTTTTATCG
LSA0950 pyrR -141 63.7 AAACCTTTAATTTCAGTCCCGTGAGGCTGAGAAGGCACGGTGAATTAATCCATTAGATTAGAACTCTAGGACTAGTCTCAAACTGTAACCTCTCAACCAATATCGGTTGAGAGGTTTTTTGTTGG
Pediococcus pentosaceus ATCC 25745
PEPE_1571 pyrG -158 26.3 GAGATCCTTTTGAGGATTTTTCAGACAATGAACGGTAATACCCCCTATTCTCAGAATAGGGGGTATTTTTAT
PEPE_1124 pyrP -145 45.8 AGAAACCTTAATTTGGTCCTGTGAGGCCAAAAGGCTCAATTTGTTCGGTAGAACCTCGCACTTAACGGGGAATCATAGAATTTACTGAAGCCTCTTGGATCACATCGATCTAAGAGGCTTTTTCT
PEPE_1675 pyrF -96 27.5 GAGTCGCTTTAAATCGATCCAGAGAGATTGATAAGCTAACGAATACACCGCAAACTAGGTGCTGGTTAGCATACCTAGACCTTGCGGTGTTTTTTGA
Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293
LEUM_1210 pyrB -133 60.4 TAAAACCTTTAATCAGGTCCAGAGAGACCTGCAAGGCTTTAGATACTTTTGGTGAAGTGTACACTTTTACCCTCATTTTCTAGAACCAAGCGGTCGCTCAGATCGCTTGGTTTTTTGTA
Lactobacillus rhamnosus GG
LGG_02546 pyrG -118 23.3 TAATATACATTTTGGGCGCTTTACAGAAGTGTAAAGCCAATACGGTTCAAGCTCCCTGTTCGTATGAACAGGGAGCTTGTTTTT
LGG_01461 pyrR -466 60.2 AAGCACCTTTAACTAAGTCCAGTGAGGCTTAGAAGGTTTCCTTTCCGTTGCGGCGGATTATTCAGGCTACGGTCGCCTTCTATCCAAATTGGGTAGGAGGCGTTTTTTG
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