# TF - Vapar_1337: Vapar_1337 7556397 Vapar_1338 COG436 (PF00155) # TF - NrtR: Vapar_6281 7561403 Vapar_6282 pncA 7561404 Vapar_6283 pncB 7561405 Vapar_6284 nadE 7561406 Vapar_6285 nadM 7561402 Vapar_6281 nrtR # TF - NrdR: Vapar_3101 7556013 Vapar_0956 nrdA 7556012 Vapar_0955 nrdB # TF - NorR: Vapar_6323 7561444 Vapar_6323 norR 7561445 Vapar_6324 hmp # TF - HutC: Vapar_0157 7555205 Vapar_0154 hisX 7555206 Vapar_0155 hisY 7555207 Vapar_0156 hisZ 7555208 Vapar_0157 hutC 7555209 Vapar_0158 hutH 7555210 Vapar_0159 hutU 7555211 Vapar_0160 COG1414 7555212 Vapar_0161 COG834 (HisJ) 7555213 Vapar_0162 COG765 (HisM) 7555214 Vapar_0163 hutD 7555215 Vapar_0164 hutI 7555216 Vapar_0165 hutF 7555217 Vapar_0166 hutG # TF - IscR: Vapar_2141 7557206 Vapar_2141 iscR 7557207 Vapar_2142 iscS 7557208 Vapar_2143 iscU 7557209 Vapar_2144 iscA 7557210 Vapar_2145 hscB 7557211 Vapar_2146 hscA 7557212 Vapar_2147 fdx # TF - NtrC: Vapar_1635 7556694 Vapar_1632 glnA 7556695 Vapar_1633 ntrZ 7556696 Vapar_1634 ntrB 7556697 Vapar_1635 ntrC 7558608 Vapar_3526 narK 7558604 Vapar_3522 nrtA 7558605 Vapar_3523 nrtB 7558606 Vapar_3524 nrtC 7557928 Vapar_2849 nasD 7557927 Vapar_2848 nasE 7557926 Vapar_2847 cysG 7555268 Vapar_0217 CHP02001 7555269 Vapar_0218 glnK 7555270 Vapar_0219 amtB # TF - RbsR: Vapar_4639 7559729 Vapar_4636 rbsB 7559730 Vapar_4637 rbsA 7559731 Vapar_4638 rbsC 7559732 Vapar_4639 rbsR 7559733 Vapar_4640 rbsK 7559734 Vapar_4641 rbsD # TF - LexA: Vapar_2636 7557713 Vapar_2636 lexA 7557885 Vapar_2806 PF06733 7558287 Vapar_3206 imuA 7558286 Vapar_3205 imuB 7558285 Vapar_3204 dnaE2 7558284 Vapar_3203 Aave_0184 7559631 Vapar_4538 imuA 7559630 Vapar_4537 imuB 7559629 Vapar_4536 dnaE2 7556755 Vapar_1693 PF04055 7560301 Vapar_5195 recA 7560300 Vapar_5194 recX # TF - LiuR: Vapar_4735 7559829 Vapar_4735 liuR 7559828 Vapar_4734 cah 7559827 Vapar_4733 aceK 7559826 Vapar_4732 ivdA 7559825 Vapar_4731 null 7559824 Vapar_4730 ivdC # TF - FadP: Vapar_0809 7558455 Vapar_3374 etfB 7558454 Vapar_3373 etfA 7558453 Vapar_3372 acdH2 7558452 Vapar_3371 null 7555623 Vapar_0572 null 7556332 Vapar_1274 acdQ 7556331 Vapar_1273 acdP 7555865 Vapar_0809 fadP 7555866 Vapar_0810 acdH 7555867 Vapar_0811 null 7555868 Vapar_0812 acdB 7555869 Vapar_0813 null 7555870 Vapar_0814 acdA 7555871 Vapar_0815 null 7555872 Vapar_0816 null 7555873 Vapar_0817 null 7555874 Vapar_0818 null 7555875 Vapar_0819 null 7555876 Vapar_0820 echH # TF - VanR: Vapar_1746 7556808 Vapar_1746 vanR 7556809 Vapar_1747 Pnap_2730 # TF - PaaR: Vapar_1240 7556297 Vapar_1239 paaY2 7556298 Vapar_1240 paaR 7556296 Vapar_1238 paaF 7556295 Vapar_1237 paaY 7556294 Vapar_1236 paaK 7556293 Vapar_1235 paaA 7556292 Vapar_1234 paaB 7556291 Vapar_1233 paaC 7556290 Vapar_1232 paaD 7556289 Vapar_1231 paaE 7556288 Vapar_1230 livK 7556287 Vapar_1229 livH 7556286 Vapar_1228 livM 7556285 Vapar_1227 livF 7556284 Vapar_1226 paaZ # TF - YrdX: Vapar_0563 7555613 Vapar_0562 PF02635 7555612 Vapar_0561 COG388 7555611 Vapar_0560 COG2516 7555610 Vapar_0559 COG3153 7555609 Vapar_0558 COG2144 7555608 Vapar_0557 null 7555607 Vapar_0556 COG2072 (TrkA) # RNA - FMN 7556918 Vapar_1854 ribH2 # RNA - TPP 7557470 Vapar_2400 cytX 7559822 Vapar_4728 thiC # TF - HrcA: Vapar_4335 7559471 Vapar_4379 rpoH 7556176 Vapar_1119 groS 7556175 Vapar_1118 groL # TF - GntR: Vapar_6141 7561247 Vapar_6141 gntR 7561248 Vapar_6142 gntT 7561249 Vapar_6143 gntK3 # TF - SoxR: Vapar_4431 7559523 Vapar_4431 soxR 7559522 Vapar_4430 null # TF - CadR-PbrR: Vapar_3563 7558644 Vapar_3562 cadA # RNA - SAH_riboswitch 7555222 Vapar_0171 metH 7559777 Vapar_4683 ahcY 7559776 Vapar_4682 COG1189 7559775 Vapar_4681 metF # TF - CueR: Vapar_2999, Vapar_0029 7558078 Vapar_2999 cueR2 7555081 Vapar_0031 copA 7555080 Vapar_0030 copZ 7555079 Vapar_0029 cueR # TF - Daci_3836: Vapar_0276 7555316 Vapar_0265 uahA 7555317 Vapar_0266 Vapar_0266 7555318 Vapar_0267 Vapar_0267 7555319 Vapar_0268 Vapar_0268 7555320 Vapar_0269 null 7555321 Vapar_0270 Lcho_3026 7555322 Vapar_0271 Lcho_3025 7555323 Vapar_0272 Lcho_3024 7555324 Vapar_0273 Lcho_3023 7555325 Vapar_0274 Lcho_3022 # TF - MetR: Vapar_3249 7558329 Vapar_3248 metE 7558330 Vapar_3249 metR # TF - PdxW: Vapar_3858 7558943 Vapar_3857 PF00583 # TF - FdsR: Vapar_3016 7558096 Vapar_3017 fdsG 7558097 Vapar_3018 fdsB 7558098 Vapar_3019 fdsA 7558099 Vapar_3020 fdsC 7558100 Vapar_3021 fdsD 7558095 Vapar_3016 fdsR # TF - ModE3: Vapar_1577 7556649 Vapar_1588 tupA 7556650 Vapar_1589 tupC 7556651 Vapar_1590 tupB # TF - ModE2: Vapar_4071 7559157 Vapar_4070 modB 7559156 Vapar_4069 modA 7559155 Vapar_4068 modC # TF - Vapar_5644: Vapar_5644 7560749 Vapar_5643 PF01370 7560748 Vapar_5642 PF07883 # TF - Daci_0595: Vapar_0748 7555803 Vapar_0747 PF01810 7555802 Vapar_0746 PF00892 7555801 Vapar_0745 COG1167 7555800 Vapar_0744 Aave_4745 7555799 Vapar_0743 PF01810 7555798 Vapar_0742 Bpro_4241 7555797 Vapar_0741 phzF 7555796 Vapar_0740 Aave_4440 7555795 Vapar_0739 PF01810 7555794 Vapar_0738 Aave_4441 # TF - YdcR: Vapar_4651 7559746 Vapar_4652 Mpe_A0753 7559747 Vapar_4653 COG2863 7559748 Vapar_4654 COG3258 # TF - Daci_3053: Vapar_2905 7557985 Vapar_2906 sgaA 7557984 Vapar_2905 Daci_3053 7557983 Vapar_2904 dld2 # TF - GabR2: Vapar_4694 7559789 Vapar_4695 gabT 7559790 Vapar_4696 gbtA 7559791 Vapar_4697 gbtD 7559792 Vapar_4698 gbtB 7559793 Vapar_4699 gbtC 7559794 Vapar_4700 speB # TF - Aave_3430: Vapar_0983 7556041 Vapar_0984 null 7556040 Vapar_0983 Aave_3430 # TF - UxuR2: Vapar_5316, Vapar_0787 7555843 Vapar_0787 uxuR2 7555842 Vapar_0786 dctP 7555841 Vapar_0785 dctQ 7555840 Vapar_0784 dctM 7555839 Vapar_0783 uxaA 7560423 Vapar_5317 null 7560424 Vapar_5318 Rfer_3129 7560425 Vapar_5319 Rfer_3130 7560426 Vapar_5320 Rfer_3131 7560427 Vapar_5321 Rfer_3134 7560428 Vapar_5322 Rfer_3136 7560429 Vapar_5323 Rfer_3138 7560422 Vapar_5316 uxuR2-2 7557955 Vapar_2876 uxuR3 7557956 Vapar_2877 Aave_2470 7557957 Vapar_2878 Vapar_2878 7557958 Vapar_2879 idnD/tdh 7557959 Vapar_2880 Vapar_2880 7557960 Vapar_2881 Vapar_2881 7557961 Vapar_2882 Vapar_2882 7557962 Vapar_2883 Bpro_3978 7557963 Vapar_2884 mtlD 7555844 Vapar_0788 Bpro_3961 7555845 Vapar_0789 Bpro_3960 7555846 Vapar_0790 mhpD # TF - UxuR3: Vapar_2876 7557955 Vapar_2876 uxuR3 7557956 Vapar_2877 Aave_2470 7557957 Vapar_2878 COG0834 7557958 Vapar_2879 COG1063 7557959 Vapar_2880 COG0765 7557960 Vapar_2881 COG0765-2 7557961 Vapar_2882 COG1126 7557962 Vapar_2883 Bpro_3978 7557963 Vapar_2884 uxuA # TF - TauR: Vapar_3848 7558935 Vapar_3849 tauX 7558936 Vapar_3850 tauY 7558932 Vapar_3846 tauA 7558931 Vapar_3845 tauB 7558930 Vapar_3844 tauC # TF - SdhR: Vapar_1431 7556490 Vapar_1431 sdhR 7556489 Vapar_1430 sdhC 7556488 Vapar_1429 sdhD 7556487 Vapar_1428 sdhA 7556486 Vapar_1427 sdhB 7556485 Vapar_1426 COG2938 7556484 Vapar_1425 gltA 7556491 Vapar_1432 mdh 7556492 Vapar_1433 tam 7556493 Vapar_1434 citE 7556494 Vapar_1435 Aave_2209 7556495 Vapar_1436 acnB 7556933 Vapar_1869 aceA # TF - GguR: Vapar_1727 7556789 Vapar_1727 gguR 7556788 Vapar_1726 udh 7556787 Vapar_1725 uxuL1 7556786 Vapar_1724 uxuP 7556785 Vapar_1723 uxuQ 7556784 Vapar_1722 uxuM 7556783 Vapar_1721 garD 7556782 Vapar_1720 null 7556781 Vapar_1719 null 7556780 Vapar_1718 uxuF 7556779 Vapar_1717 tctC2 7556790 Vapar_1728 tctC1 7556791 Vapar_1729 kdgD 7556792 Vapar_1730 null 7556793 Vapar_1731 gudD