# TF - NiaR: SMU.331 295133 SMU.332 niaX 295692 SMU.946 pnuC # TF - CmbR: SMU.852 295678 SMU.930c homR 295679 SMU.932 tcyD 295680 SMU.933 tcyE 295681 SMU.934 tcyF 295682 SMU.935 tcyG 295683 SMU.936 tcyH 295630 SMU.873 metE 295631 SMU.874 metH 296356 SMU.1675 metB 296355 SMU.1674 metC 295250 SMU.459 tcyA 295251 SMU.460 tcyB 295252 SMU.461 tcyC 296594 SMU.1942c gshT # RNA - L10_leader 295703 SMU.957 rplJ 295706 SMU.960 rplL # RNA - TPP 295479 SMU.706c thiT # RNA - FMN 296380 SMU.1703c ribU 296379 SMU.1702c SP_0489 # RNA - PyrR 295951 SMU.1224 pyrK 295950 SMU.1223 pyrD 295949 SMU.1222 pyrF 295948 SMU.1221 pyrE 295614 SMU.856 pyrR 295615 SMU.857 pyrP 295616 SMU.858 pyrB 295617 SMU.859 carA 295618 SMU.860 carB # RNA - Glycine 295908 SMU.1175 glyP # RNA - L13_leader 294987 SMU.169 rplM 294988 SMU.170 rpsI # RNA - L19_leader 296007 SMU.1288 rplS # RNA - L20_leader 295471 SMU.697 infC 295472 SMU.698 rpmI 295473 SMU.699 rplT # RNA - L21_leader 295605 SMU.846 rplU 295606 SMU.848 ysxB # RNA - S15 294972 SMU.154 rpsO # TF - Rex: SMU.1053 295160 SMU.360 gap 295255 SMU.464 pncB 295256 SMU.465 nadE 295161 SMU.361 pgk 295793 SMU.1053 rex 295794 SMU.1054 guaA 294966 SMU.148 adhE 295850 SMU.1115 ldh 294923 SMU.99 fba 295972 SMU.1247 eno 296117 SMU.1410 frdC 296118 SMU.1411 frdT # RNA - preQ1-II 296235 SMU.1545c queT # RNA - yybP-ykoY 295494 SMU.723 atcL # RNA - T-box(Ala) 295425 SMU.649 COG4894 295426 SMU.650 alaS # RNA - T-box(Asn) 296489 SMU.1822 aspS2 296488 SMU.1821c gatC 296487 SMU.1820c gatA 296486 SMU.1819 gatB # RNA - T-box(Gly) 295237 SMU.445 glyQ 295238 SMU.446 glyS 295239 SMU.447 ylaC # RNA - T-box(His) 295997 SMU.1273 hisC 295996 SMU.1272 hisZ 295995 SMU.1271 hisG 295994 SMU.1270 hisD 295993 SMU.1269 serB 295992 SMU.1268 hisB 295991 SMU.1267c null 295990 SMU.1266 hisH 295989 SMU.1265 hisA 295988 SMU.1264 hisF 295987 SMU.1263 hisI 295986 SMU.1262c null 295985 SMU.1261c hisE # RNA - T-box(Ile) 295342 SMU.558 ileS # RNA - T-box(Phe) 296205 SMU.1512 pheS 296204 SMU.1511c paiA 296203 SMU.1510 pheT # RNA - T-box(Ser) 296543 SMU.1886 serS # RNA - T-box(Thr) 296272 SMU.1587c null 296271 SMU.1586 thrS # RNA - T-box(Trp) 295316 SMU.531 tyrA 295317 SMU.532 trpE 295318 SMU.533 trpG 295319 SMU.534 trpD 295320 SMU.535 trpC 295321 SMU.536 trpF 295322 SMU.537 trpB 295323 SMU.538 trpA # RNA - T-box(Val) 296443 SMU.1773c SMU.1773c 296442 SMU.1772c null 296441 SMU.1771c null 296440 SMU.1770 valS # TF - PflR: SMU.491 295278 SMU.490 pflA 295280 SMU.493 pflB 295281 SMU.494 tal 295282 SMU.495 gldA 295279 SMU.491 pflR # TF - NagR: SMU.1065c 295412 SMU.636 nagB 295229 SMU.435 nagA 295918 SMU.1187 glmS # TF - NrdR: SMU.1923c 296712 SMU.2074 nrdD 296711 SMU.2073c SDEG_2077 296710 SMU.2072c SAG2083 296709 SMU.2071 nrdG 295445 SMU.669c ndrH 295444 SMU.668c nrdE # TF - CopR: SMU.424 295220 SMU.424 copR 295221 SMU.426 copA 295222 SMU.427 copZ # TF - ArgR: SMU.2093, SMU.584, SMU.2097 295439 SMU.663 argC 295440 SMU.664 argJ 295441 SMU.665 argB 295442 SMU.666 argD 296734 SMU.2098 argS 295346 SMU.563 argF 295135 SMU.334 argG 296730 SMU.2093 argR1 # TF - MalR: SMU.1566 296688 SMU.2047 ptsG 296687 SMU.2046c rgfB 296254 SMU.1566 malR 296253 SMU.1565 malM 296252 SMU.1564 malP 296255 SMU.1568 malE 296256 SMU.1569 malF 296257 SMU.1570 malG # TF - GlnR: SMU.363 295566 SMU.806c glnP 295565 SMU.805c glnQ 295663 SMU.913 gdhA 296339 SMU.1658 nrgA 296338 SMU.1657c nrgB 295163 SMU.363 glnR 295164 SMU.364 glnA 295446 SMU.670 citB 295447 SMU.671 citZ 295448 SMU.672 icd 296211 SMU.1519 gluQ 296212 SMU.1520 gluH 296213 SMU.1521 gluM 296214 SMU.1522 gluP # TF - NmlR: SMU.677 295453 SMU.677 nmlR 295454 SMU.678 adhY 295455 SMU.679 adhY 296527 SMU.1867c adhC # TF - FabT: SMU.1745c 296417 SMU.1742c fabK 296416 SMU.1741 fabD 296415 SMU.1740 fabG 296414 SMU.1739 fabF 296413 SMU.1738 accB 296412 SMU.1737 fabZ 296411 SMU.1736 accC 296410 SMU.1735 accD 296409 SMU.1734 accA 296421 SMU.1746c fabM 296420 SMU.1745c fabT 296419 SMU.1744 fabH 296418 SMU.1743 acpP # TF - ScrR: SMU.1844 296507 SMU.1843 scrB 296508 SMU.1844 scrR 296506 SMU.1841 scrA # TF - CcpA: SMU.1591 296625 SMU.1978 ackA 294905 SMU.78 sacC 296285 SMU.1601 bglA 294996 SMU.179 yieF 294997 SMU.180 frd2 296097 SMU.1389 pck 294936 SMU.113 fruK2 294937 SMU.114 fruA2 294938 SMU.115 fruB2 294939 SMU.116 lacD1 296277 SMU.1592 pepQ 296682 SMU.2038 treP 296681 SMU.2037 treA 294948 SMU.127 acoA 294949 SMU.128 acoB 296130 SMU.1424 pdhD 296129 SMU.1423 pdhA 296128 SMU.1422 pdhB 296127 SMU.1421 pdhC 295330 SMU.546 typA 295922 SMU.1191 pfk 295921 SMU.1190 pyk 295391 SMU.611 rheA 296536 SMU.1877 manL 296537 SMU.1878 manM 296538 SMU.1879 manN 296506 SMU.1841 scrA 296505 SMU.1840 scrK 294935 SMU.112c fruR2 296688 SMU.2047 ptsG 296687 SMU.2046c rgfB 296683 SMU.2040 treR 296491 SMU.1824c codY 296490 SMU.1823 pncA 295828 SMU.1088 apbE 295358 SMU.575c lrgA 295357 SMU.574c lrgB 295326 SMU.541 yvaA 295327 SMU.542 glcK 295328 SMU.543 yvaB 295634 SMU.877 agaL 295635 SMU.878 msmE 295636 SMU.879 msmF 295637 SMU.880 msmG 295861 SMU.1126 coaA 296255 SMU.1568 malE 296256 SMU.1569 malF 296257 SMU.1570 malG 296276 SMU.1591 ccpA 295287 SMU.500 raiA 295097 SMU.291 tkt2 295817 SMU.1077 pgm 295756 SMU.1013c citN 295198 SMU.402 pfl 296507 SMU.1843 scrB 296508 SMU.1844 scrR 296761 SMU.2127 gabD 295194 SMU.396 glpF2 295450 SMU.674 ptsH 295451 SMU.675 ptsI 295627 SMU.870 fruR 295628 SMU.871 fruB 295629 SMU.872 fruA 295112 SMU.307 pgi 296371 SMU.1692 pflA 296226 SMU.1534 atpE 296225 SMU.1533 atpB 296224 SMU.1532 atpF 296223 SMU.1531 atpH 296222 SMU.1530 atpA 296221 SMU.1529 atpG 296220 SMU.1528 atpD 296219 SMU.1527 atpC 295193 SMU.395 pepX 295079 SMU.270 sgaT 295080 SMU.271 sgaB 295081 SMU.272 sgaC 295082 SMU.273 sgaH 295083 SMU.274 sgaU 295084 SMU.275 sgaE 294917 SMU.91 ropA 294916 SMU.89c yrhG 295113 SMU.308 sorD 295114 SMU.309 srlM 295115 SMU.310 srlR 295116 SMU.311 srlA 295117 SMU.312 srlE 295118 SMU.313 srlB 295633 SMU.876 msmR 296112 SMU.1405c cas9 296111 SMU.1404c cas1 296110 SMU.1403c cas2 296109 SMU.1402c csn2 295559 SMU.799c SPy1339 296284 SMU.1600 celB 296283 SMU.1599 celR 296282 SMU.1598 celA 296281 SMU.1597c SP_0309 296280 SMU.1596 celD # TF - PipR: SMU.2134 296767 SMU.2134 pipR 296766 SMU.2133c pip # TF - SgaR: SMU.289 295079 SMU.270 sgaT 295080 SMU.271 sgaB 295081 SMU.272 sgaC 295082 SMU.273 sgaH 295083 SMU.274 sgaU 295084 SMU.275 sgaE 295096 SMU.290 sgaG # TF - MtaR: SMU.1225 296593 SMU.1941 metQ 296592 SMU.1940c hmrB 296591 SMU.1939c metN 296590 SMU.1938c metP 296588 SMU.1936c COG1912 296587 SMU.1935c mtsA 296586 SMU.1934c mtsB 296585 SMU.1933c mtsC 296166 SMU.1466 metA 295355 SMU.572 folD 295906 SMU.1173 metY 295905 SMU.1172c COG1878 296183 SMU.1487 metE2 295630 SMU.873 metE 295631 SMU.874 metH # TF - YjdR: SMU.921 295669 SMU.921 yjdR 295670 SMU.922 yfiB 295671 SMU.923 yfiC # TF - PerR: SMU.593 295374 SMU.593 perR 295325 SMU.540 mgrA 295411 SMU.635 pcl 294999 SMU.182 mntC 295000 SMU.183 mntB 295001 SMU.184 mntA 295352 SMU.569 feoA 295353 SMU.570 feoB # TF - SPy1285: SMU.1193 295924 SMU.1193 SPy1285 295925 SMU.1194 SPy1286 295926 SMU.1195 SPy1287 295782 SMU.1041 SAG0280 295783 SMU.1042 SAG0281 295619 SMU.862 SPy0836 295620 SMU.863 SPy0837 295621 SMU.864 SPy0838 # TF - AdcR: SMU.1995c 296641 SMU.1995c adcR 296640 SMU.1994 adcC 296639 SMU.1993 adcB 296021 SMU.1302 adcA # TF - MntR: SMU.186 294999 SMU.182 mntB 295000 SMU.183 mntC 295001 SMU.184 mntA # TF - PurR: SMU.356 294860 SMU.29 purC 294861 SMU.30 purL 294862 SMU.31 null 294863 SMU.32 purF 294864 SMU.33 SMU.33 294865 SMU.34 purM 294866 SMU.35 purN 294867 SMU.36 SMU.36 294868 SMU.37 purH 295813 SMU.1073 fhs 294879 SMU.48 purD 294880 SMU.49 carB2 294881 SMU.50 purE 294882 SMU.51 purK # TF - TreR: SMU.2040 296683 SMU.2040 treR 296682 SMU.2038 treP 296681 SMU.2037 treA # TF - HrcA: SMU.80 296604 SMU.1955 groS 296603 SMU.1954 groL 294907 SMU.80 hrcA 294908 SMU.81 grpE # TF - GalR: SMU.885 295642 SMU.886 galK 295643 SMU.887 galT 295644 SMU.888 galE 295641 SMU.885 galR # TF - HomR: SMU.930c 295630 SMU.873 metE 295631 SMU.874 metH 295679 SMU.932 tcyD 295680 SMU.933 tcyE 295681 SMU.934 tcyF 295682 SMU.935 tcyG 295683 SMU.936 tcyH 295678 SMU.930c GALLO_1277 296356 SMU.1675 metB 296355 SMU.1674 metC # RNA - THF 295381 SMU.600c folT # TF - BirA: SMU.1578 296493 SMU.1827 bioY2 # TF - NigR: SMU.105 294924 SMU.100 nigB 294925 SMU.101 nigC 294926 SMU.102 nigD 294927 SMU.103 nigA 294928 SMU.104 nigE 294929 SMU.105 nigR # TF - GutR: SMU.309 295113 SMU.308 gutF 295114 SMU.309 gutR 295115 SMU.310 gutM 295116 SMU.311 gutC 295117 SMU.312 gutB 295118 SMU.313 gutA # TF - SAG1910: SMU.124 294947 SMU.125 SDEG_0249 294946 SMU.124 SAG1910 295071 SMU.260 ytjD # TF - CelR: SMU.1599 296284 SMU.1600 celB 296283 SMU.1599 celR 296282 SMU.1598 celA 296281 SMU.1597c PF06570 296280 SMU.1596 celD # TF - MtlR: SMU.1184c 295917 SMU.1185 mtlA 295916 SMU.1184c mtlR 295915 SMU.1183 mtlF 295914 SMU.1182 mtlD # TF - TagR: SMU.112c 294936 SMU.113 tagK 294937 SMU.114 tagB 294938 SMU.115 tagA 294939 SMU.116 tagD 294935 SMU.112c tagR # TF - CodY: SMU.1824c 296636 SMU.1990 rpoB 296635 SMU.1989 rpoC 294898 SMU.70 thrC 295663 SMU.913 gdhA 295452 SMU.676 gapN 296491 SMU.1824c codY 296490 SMU.1823 pncA 295845 SMU.1109c SMU.1109 295066 SMU.255 oppA1 295067 SMU.256 oppB1 295068 SMU.257 oppC1 295069 SMU.258 oppD1 295070 SMU.259 oppF1 296337 SMU.1656 serC 296336 SMU.1655c SMU.1655c 296335 SMU.1654c yesJ 296334 SMU.1653 serA 295997 SMU.1273 hisC 295996 SMU.1272 hisZ 295995 SMU.1271 hisG 295994 SMU.1270 hisD 295993 SMU.1269 serB 295992 SMU.1268 hisB 295991 SMU.1267c null 295990 SMU.1266 hisH 296339 SMU.1658 nrgA 296338 SMU.1657c nrgB 295165 SMU.365 gltB 295166 SMU.366 gltD 295931 SMU.1203 ilvE 296093 SMU.1384 leuA 296092 SMU.1383 leuB 296091 SMU.1382 leuC 296090 SMU.1381 leuD 296020 SMU.1301c ubiE 295044 SMU.231 ilvB 295045 SMU.232 ilvN 295046 SMU.233 ilvC 295047 SMU.234 ilvA 296279 SMU.1595 cah 294892 SMU.63c SMU.63c 295908 SMU.1175 dagA 296211 SMU.1519 gluQ 296212 SMU.1520 gluH 296213 SMU.1521 gluM 296214 SMU.1522 gluP 295163 SMU.363 glnR 295164 SMU.364 glnA 296423 SMU.1748 thrA 296028 SMU.1309c gldA2 295545 SMU.784 aroA 295546 SMU.785 aroK 295547 SMU.786 pheA 296350 SMU.1669 livK 296349 SMU.1668 livH 296348 SMU.1667 livM 296347 SMU.1666 livG 296346 SMU.1665 livF # TF - FruR: SMU.870 295627 SMU.870 fruR 295628 SMU.871 fruB 295629 SMU.872 fruA # TF - CtsR: SMU.2030 295345 SMU.562 clpE 296604 SMU.1955 groS 296603 SMU.1954 groL 296353 SMU.1672 clpP # TF - PdxR: SMU.953c 295700 SMU.954 pdxK 295701 SMU.955 pdxU 295699 SMU.953c pdxR # TF - LacR: SMU.1498 296192 SMU.1496 lacA 296191 SMU.1495 lacB 296190 SMU.1494 lacC 296189 SMU.1493 lacD 296188 SMU.1492 lacF 296187 SMU.1491 lacE 296186 SMU.1490 lacG # TF - YwzG: SMU.1704 296381 SMU.1704 ywzG 296382 SMU.1705 lp_3217 296383 SMU.1706 lp_3218 # TF - MleR: SMU.135 294956 SMU.135 mleR # TF - SMU640c: SMU.640c 295417 SMU.641 SMU.641 295416 SMU.640c SMU640c