# TF - LiuR: Reut_A0133 891044 Reut_A0589 paaH 890583 Reut_A0132 null 890585 Reut_A0134 paaI 890586 Reut_A0135 liuA 890587 Reut_A0136 aceK 890588 Reut_A0137 cah 890589 Reut_A0138 ivdA 890590 Reut_A0139 null 890591 Reut_A0140 ivdC 890592 Reut_A0141 null 890593 Reut_A0142 null 890594 Reut_A0143 null 890595 Reut_A0144 null 890596 Reut_A0145 liuB 890597 Reut_A0146 null 890584 Reut_A0133 liuR # TF - NrdR: Reut_A0789 893439 Reut_A2941 nrdA 893438 Reut_A2940 nrdB # TF - NorR: Reut_B5057 895584 Reut_B5056 norA 895583 Reut_B5055 norB 895585 Reut_B5057 norR # TF - PsrA: Reut_A3446 892754 Reut_A2265 fabH 892753 Reut_A2264 fabD 892752 Reut_A2263 fabG 892751 Reut_A2262 acpP 892750 Reut_A2261 fabF 893963 Reut_A3446 psrA # TF - FadP: Reut_A0445 891722 Reut_A1262 etfD 893045 Reut_A2550 etfB 893044 Reut_A2549 etfA 893043 Reut_A2548 acdH2 890898 Reut_A0445 fadP 890899 Reut_A0446 acdH 890900 Reut_A0447 acdB 890901 Reut_A0448 acdA 890902 Reut_A0449 degV 890903 Reut_A0450 echH 891280 Reut_A0823 fadD2 891887 Reut_A1419 RSc1772 891888 Reut_A1420 h16_A1555 891889 Reut_A1421 Rsc1773 891873 Reut_A1405 fadB 891874 Reut_A1406 pncA 891875 Reut_A1407 fadA 891876 Reut_A1408 acdH3 891556 Reut_A1097 acsA 890720 Reut_A0268 nppD 890584 Reut_A0133 liuR 890641 Reut_A0190 Rmet_0145 891469 Reut_A1010 paaH1 891468 Reut_A1009 paaG4 891467 Reut_A1008 BPSL1236 891466 Reut_A1007 BPSL1235 893493 Reut_A2994 fadD1 891436 Reut_A0977 RSc2046 891437 Reut_A0978 acdQ 891438 Reut_A0979 acdP 891439 Reut_A0980 maoC 891440 Reut_A0981 echI 891818 Reut_A1353 bktB 891819 Reut_A1354 RSc1638 891866 Reut_A1398 alkK # TF - LexA: Reut_A2008 890735 Reut_A0283 uvrD 892480 Reut_A2008 lexA 896364 Reut_B5827 PF06733 894342 Reut_B3817 BPSS1334 895052 Reut_B4525 imuA 895051 Reut_B4524 imuB 895050 Reut_B4523 dnaE2 890982 Reut_A0527 recA 890983 Reut_A0528 recX 894767 Reut_B4240 uvrA 895845 Reut_B5317 H16_B2553 891747 Reut_A1285 H16_A1352 # TF - Fur: Reut_B5530, Reut_A2837 895187 Reut_B4660 null 895186 Reut_B4659 null 893374 Reut_A2876 null 893375 Reut_A2877 null 895173 Reut_B4646 null 890750 Reut_A0298 null 890751 Reut_A0299 null 894211 Reut_B3686 null 893376 Reut_A2878 null 893066 Reut_A2571 null 892723 Reut_A2238 null 892720 Reut_A2235 null 892721 Reut_A2236 null 892722 Reut_A2237 null 895958 Reut_B5430 null 895957 Reut_B5429 null 895956 Reut_B5428 null # TF - LiuQ: Reut_A1468 891935 Reut_A1467 null 891934 Reut_A1466 null 891933 Reut_A1465 null 891932 Reut_A1464 null 891931 Reut_A1463 null 891930 Reut_A1462 null 891936 Reut_A1468 null # TF - Zur: Reut_A0164 890612 Reut_A0161 yciC 890611 Reut_A0160 null 890610 Reut_A0159 omr 891333 Reut_A0876 zip # TF - ModE: Reut_A0630 891089 Reut_A0634 modA 891088 Reut_A0633 modB 891087 Reut_A0632 modC # TF - Dnr: Reut_B5062 895538 Reut_B5010 null 895539 Reut_B5011 null 895540 Reut_B5012 null 895541 Reut_B5013 null 895542 Reut_B5014 null 895543 Reut_B5015 null 895544 Reut_B5016 null 895545 Reut_B5017 null 895546 Reut_B5018 null 895547 Reut_B5019 null # TF - HexR: Reut_A1080 891540 Reut_A1081 edd 891539 Reut_A1080 hexR # TF - IscR: Reut_A1057 891516 Reut_A1057 iscR 891517 Reut_A1058 iscS 891518 Reut_A1059 iscU 891519 Reut_A1060 iscA 891520 Reut_A1061 RSc1022 891521 Reut_A1062 hscB 891522 Reut_A1063 hscA 891523 Reut_A1064 fdx 891524 Reut_A1065 yhfJ # TF - SdhR: Reut_A2326 892816 Reut_A2326 sdhR 892815 Reut_A2325 sdhC 892814 Reut_A2324 sdhD 892813 Reut_A2323 sdhA 892812 Reut_A2322 sdhB 892811 Reut_A2321 COG2938 892810 Reut_A2320 gltA 892817 Reut_A2327 mdh 892818 Reut_A2328 citE 892819 Reut_A2329 prpC2 890837 Reut_A0384 aceA2 892433 Reut_A1961 aceA 893254 Reut_A2756 icd # RNA - FMN 894556 Reut_B4029 ribB # RNA - TPP 890656 Reut_A0205 thiC 890657 Reut_A0206 thiO 890658 Reut_A0207 thiS 890659 Reut_A0208 thiG 890660 Reut_A0209 thiE # RNA - Cobalamin 891109 Reut_A0654 btuB 891110 Reut_A0655 btuC 891111 Reut_A0656 btuD 891112 Reut_A0657 btuR 891113 Reut_A0658 cobT 891114 Reut_A0659 cobS 891115 Reut_A0660 cobC # TF - NsrR: Reut_A3220 893734 Reut_A3220 nsrR 893733 Reut_A3219 hmp # TF - LldR: Reut_B5449 895977 Reut_B5449 lldR 895976 Reut_B5448 lldE 895975 Reut_B5447 lldG 895974 Reut_B5446 lldF 895973 Reut_B5445 lldP # TF - NtrC: Reut_A2054 894565 Reut_B4038 amtB 892529 Reut_A2056 ntrZ 892528 Reut_A2055 ntrB 892527 Reut_A2054 ntrC 892530 Reut_A2057 glnA 895386 Reut_B4859 narK 895387 Reut_B4860 nasD 895388 Reut_B4861 nasE 895389 Reut_B4862 nasB 895390 Reut_B4863 nasA 893505 Reut_A3006 dppA 893504 Reut_A3005 dppB 893503 Reut_A3004 dppC 893502 Reut_A3003 dppD 893501 Reut_A3002 dppF # RNA - Glycine 893845 Reut_A3329 gcvT 893846 Reut_A3330 gcvH 893847 Reut_A3331 gcvP 893848 Reut_A3332 yrbG 893849 Reut_A3333 sdaA 894251 Reut_B3726 dadA # RNA - SAH_riboswitch 890664 Reut_A0213 ahcY 890665 Reut_A0214 PF04020 890666 Reut_A0215 metF # RNA - yybP-ykoY 891374 Reut_A0916 ykoY # RNA - ykkC-yxkD 893998 Reut_B3481 null 895415 Reut_B4888 uctB 895414 Reut_B4887 uctP 895413 Reut_B4886 uctA 895412 Reut_B4885 amt1 895411 Reut_B4884 amt2 895410 Reut_B4883 ucaA 895409 Reut_B4882 ucaB # RNA - mini-ykkC 895410 Reut_B4883 ucaA 895409 Reut_B4882 ucaB # RNA - sucA 892520 Reut_A2047 sucA 892519 Reut_A2046 sucB 892518 Reut_A2045 lpdA # TF - RutR: Reut_B3988 894510 Reut_B3985 ribA2 894511 Reut_B3986 PF07958 894512 Reut_B3987 upp 894513 Reut_B3988 rutR 894514 Reut_B3989 ppuB 894515 Reut_B3990 ppuA 894516 Reut_B3991 ppuC 894517 Reut_B3992 ppuD 894518 Reut_B3993 codA # TF - PhnF: Reut_B4185 894712 Reut_B4185 phnF 894711 Reut_B4184 phnM 894710 Reut_B4183 rcsF 894709 Reut_B4182 phnN 894713 Reut_B4186 phnG 894714 Reut_B4187 phnH 894715 Reut_B4188 phnI 894716 Reut_B4189 phnJ 894717 Reut_B4190 phnK 894718 Reut_B4191 phnL 894719 Reut_B4192 phnM # TF - PaaR: Reut_A3212 890561 Reut_A0110 paaG 893519 Reut_A3015 paaF 893520 Reut_A3016 paaY 893521 Reut_A3017 paaK 893720 Reut_A3206 paaA 893721 Reut_A3207 paaB 893722 Reut_A3208 paaC 893723 Reut_A3209 paaD 893724 Reut_A3210 paaE 893725 Reut_A3211 paaW 893726 Reut_A3212 paaR # TF - HrcA: Reut_A1036 890777 Reut_A0325 rpoH 893154 Reut_A2657 groS 893153 Reut_A2656 groL # TF - CueR: Reut_A3375 893892 Reut_A3376 copA 893891 Reut_A3375 cueR 893893 Reut_A3377 copZ # TF - MerR: pJP4_53, Reut_D6498 890418 Reut_D6497 merT 890417 Reut_D6496 merP 890416 Reut_D6495 merA 890415 Reut_D6494 merD 890414 Reut_D6493 merE 1762241 pJP4_52 merT 1762240 pJP4_51 merP 1762239 pJP4_50 merA 1762238 pJP4_49 merD 1762237 pJP4_48 merE # TF - CadR-PbrR: Reut_A3299 893814 Reut_A3299 cadR 894497 Reut_B3972 cadA # TF - HutC: Reut_A0895, Reut_A2717 893218 Reut_A2720 hisX 893217 Reut_A2719 hisY 893216 Reut_A2718 hisZ 893215 Reut_A2717 hutC 896172 Reut_B5636 hutU 896173 Reut_B5637 hutH 896174 Reut_B5638 hisT 893214 Reut_A2716 hutH 893213 Reut_A2715 hutU 893212 Reut_A2714 hutD 893211 Reut_A2713 hutI 893210 Reut_A2712 hutF 893209 Reut_A2711 hutG 891354 Reut_A0896 hutU 891355 Reut_A0897 COG2814 (AraJ) # TF - HpxR: Reut_B4528 895058 Reut_B4531 uraA 895057 Reut_B4530 COG0402 895056 Reut_B4529 PF01925 # TF - Rmet_4647: Reut_A1198 891657 Reut_A1197 Rmet_4645 891656 Reut_A1196 PF00501 891655 Reut_A1195 Rmet_4646 891654 Reut_A1194 COG0372 891653 Reut_A1193 PF02627 891652 Reut_A1192 Rmet_4646 891651 Reut_A1191 Rmet_4645 891658 Reut_A1198 Rmet_4647 # TF - H16_B1761 892939 Reut_A2447 SCO1410 892940 Reut_A2448 COG2814 892941 Reut_A2449 COG4336 892942 Reut_A2450 alhAB 892943 Reut_A2451 alhC # TF - PhnR2: Reut_B3719 894243 Reut_B3718 phnW 896411 Reut_B5874 phnS 896410 Reut_B5873 phnT 896409 Reut_B5872 phnUV 896408 Reut_B5871 phnW 894244 Reut_B3719 phnR2 894245 Reut_B3720 h16_B1948 894246 Reut_B3721 h16_B1947 896412 Reut_B5875 null 896413 Reut_B5876 null # TF - SdaR: Reut_A1260 891720 Reut_A1260 sdaR 891719 Reut_A1259 COG579 # TF - UraR: Reut_A2435 892925 Reut_A2434 pucM 891757 Reut_A1294 atzB 892926 Reut_A2435 uraR 892927 Reut_A2436 pbuT 892928 Reut_A2437 COG0726 892929 Reut_A2438 uraO # TF - Reut_C5892: Reut_C5892 889813 Reut_C5893 Reut_C5893 889814 Reut_C5894 Reut_C5894 889815 Reut_C5895 Reut_C5895 # TF - MetR: Reut_B4244 894772 Reut_B4245 metE 894771 Reut_B4244 metR # TF - TauR: Reut_B3752 891940 Reut_A1472 tauA 891939 Reut_A1471 tauB 891938 Reut_A1470 tauC 894276 Reut_B3751 tauX 894275 Reut_B3750 tauY # TF - FdsR: Reut_A0616 891072 Reut_A0617 fdsG 891073 Reut_A0618 fdsB 891074 Reut_A0619 fdsA 891075 Reut_A0620 fdsC 891076 Reut_A0621 fdsD 891071 Reut_A0616 fdsR # TF - ModE3: Reut_A0932 891389 Reut_A0931 tupB 891390 Reut_A0932 modE3 891391 Reut_A0933 H16_A1021 891392 Reut_A0934 H16_A1022 891393 Reut_A0935 H16_A1023 891394 Reut_A0936 H16_A1024 # TF - H16_B0275: Reut_C6135 890057 Reut_C6136 PF01966 890058 Reut_C6137 COG1028 890055 Reut_C6134 COG1917 890054 Reut_C6133 COG2128 # TF - H16_B1411: Reut_A1580 892047 Reut_A1579 PF05368 892046 Reut_A1578 PF07883 # TF - H16_A0963: Reut_A1805 892277 Reut_A1806 PF02627 # TF - OapR: Reut_A0247 890700 Reut_A0248 oapT 890701 Reut_A0249 oapD # TF - H16_A2655: Reut_A2343 893447 Reut_A2949 PF01810 892834 Reut_A2344 h16_A2656 892835 Reut_A2345 h16_A2657 892836 Reut_A2346 PF01810 892837 Reut_A2347 PF00892 892838 Reut_A2348 h16_A1735 892839 Reut_A2349 h16_A2661 892840 Reut_A2350 aspB 892841 Reut_A2351 h16_A2663 # TF - YdcR: Reut_B3939 894811 Reut_B4284 PF01654 894812 Reut_B4285 PF02322 891920 Reut_A1452 h16_A1590 891921 Reut_A1453 COG3258 891922 Reut_A1454 h16_A1592 # TF - Rmet_5631: Reut_B5139 895668 Reut_B5140 sgaA 895667 Reut_B5139 Rmet_5631 # TF - H16_B1468: Reut_B4094 894618 Reut_B4091 fdhA2 894619 Reut_B4092 fdhD2 894620 Reut_B4093 moeA3 894621 Reut_B4094 h16_B1468 894628 Reut_B4101 cydA 894627 Reut_B4100 cydB # TF - H16_A0970: Reut_A2460 892952 Reut_A2460 H16_A0970 892951 Reut_A2459 h16_A0972 # TF - RALTA_A0216: Reut_A0251 890704 Reut_A0252 PF11142 # TF - MlnR: Reut_A0644 891099 Reut_A0644 mlnR 891100 Reut_A0645 matA 891101 Reut_A0646 h16_A2980 891102 Reut_A0647 h16_A2979 891103 Reut_A0648 matB # TF - YrdX3: Reut_B4580 895106 Reut_B4579 cyoA2 895105 Reut_B4578 cyoB2 895104 Reut_B4577 cyoC2 895103 Reut_B4576 cyoD2 895107 Reut_B4580 yrdX3 # TF - GguR: Reut_B3714 894213 Reut_B3688 kdgD 894239 Reut_B3714 gguR 894238 Reut_B3713 kgsD 894214 Reut_B3689 gudP1 894215 Reut_B3690 garD 894240 Reut_B3715 gudD 894241 Reut_B3716 tctC2 891465 Reut_A1006 tctC1 # TF - TalR: Reut_B4642 895170 Reut_B4643 talD 895171 Reut_B4644 tctC 895169 Reut_B4642 talR