# TF - Zur: Dde_2211 394629 Dde_2208 znuA 394628 Dde_2209 znuC 394627 Dde_2210 znuB 394626 Dde_2211 zur # TF - RpoH: Dde_2116 394616 Dde_2220 clpP 394617 Dde_2219 clpX 394618 Dde_2218 lon 3333959 Dde_0246 null 393180 Dde_0247 rpoZ 393179 Dde_0248 dnaJ 3333960 Dde_0249 null # TF - PhoB: Dde_2387 3334205 Dde_1216 null 395484 Dde_1217 null 395138 Dde_1628 null 393373 Dde_3781 null 393374 Dde_3780 null 3334859 Dde_3782 null 3334860 Dde_3783 null 393732 Dde_3324 phnC 393731 Dde_3325 phnD 393730 Dde_3326 phnE 395616 Dde_1061 pstC-2 395617 Dde_1060 pstA-2 395618 Dde_1059 phoH 395615 Dde_1062 pstS 394472 Dde_2387 phoB 394473 Dde_2386 pstB-1 394474 Dde_2385 phoU 395513 Dde_1185 dppA 395514 Dde_1184 dppB 395515 Dde_1183 dppC 395516 Dde_1182 dppD 395517 Dde_1181 oppF 393152 Dde_0275 null 393153 Dde_0274 null 393154 Dde_0273 oppC 393155 Dde_0272 oppD 393156 Dde_0271 oppF # TF - PerR: Dde_3674 395549 Dde_1143 null 393457 Dde_3674 perR 395482 Dde_1222 rbr 395420 Dde_1320 rbr2 # TF - NikR: Dde_2956 3334412 Dde_2134 hysB 394696 Dde_2135 hysA 394565 Dde_2281 hydA2 394566 Dde_2280 hydB2 395510 Dde_1189 nikK 3334200 Dde_1190 nikM 395508 Dde_1191 nikL 395507 Dde_1192 nikQ 395506 Dde_1193 nikO # TF - TunR: Dde_3517 393587 Dde_3518 modA 393586 Dde_3519 modB 393585 Dde_3520 modC 393254 Dde_0155 modA 393255 Dde_0154 modB 393256 Dde_0153 null 393588 Dde_3517 TunR # TF - ArsR: Dde_3721, Dde_2776 393414 Dde_3721 arsR 393413 Dde_3722 null 3334558 Dde_2777 null 394144 Dde_2778 null 3334557 Dde_2776 arsR # TF - LysX: Dde_2665 394240 Dde_2665 lysX 394241 Dde_2664 lysA-2 394396 Dde_2470 null 393129 Dde_0301 null 393213 Dde_0208 lysW 394397 Dde_2468 mviN-1 # TF - LldR: Dde_0749, Dde_1244 395477 Dde_1244 lldR 395476 Dde_1245 lldX # TF - HrcA: Dde_1026 394393 Dde_2474 groS 394394 Dde_2473 groL # TF - Fur: Dde_2676 393270 Dde_0133 bfr 395878 Dde_0753 fur3 3334418 Dde_2152 null 394679 Dde_2153 null 394678 Dde_2154 null 394677 Dde_2155 null 3334419 Dde_2156 null 394675 Dde_2157 null 393001 Dde_0447 null 3334001 Dde_0448 null 392999 Dde_0449 null 392998 Dde_0450 oppC 392997 Dde_0451 null 3334002 Dde_0452 null 3334003 Dde_0453 null 3334004 Dde_0454 null 392993 Dde_0455 null 3334005 Dde_0456 null 392991 Dde_0457 null 393004 Dde_0444 pqqL 393003 Dde_0445 null 393002 Dde_0446 null 393462 Dde_3667 fld 394235 Dde_2673 feoA 3334538 Dde_2672 null 394236 Dde_2670 feoA 394237 Dde_2669 feoB 395541 Dde_1151 hdd 393146 Dde_0283 null 393147 Dde_0282 null 395426 Dde_1312 null 393956 Dde_3048 gdp 393957 Dde_3047 null 393958 Dde_3046 null 393959 Dde_3045 null 3334575 Dde_2805 null 394132 Dde_2806 null 3334576 Dde_2807 null 394231 Dde_2677 pep 394232 Dde_2676 fur 3334341 Dde_1733 null 395155 Dde_1609 null 395156 Dde_1608 null 395425 Dde_1313 copA 392971 Dde_0483 null 392970 Dde_0484 null 392969 Dde_0485 null 3334680 Dde_3146 null 3334313 Dde_1611 null 395478 Dde_1239 null # TF - FliA: Dde_0383 395066 Dde_1710 flaG 395567 Dde_1120 fliD 395568 Dde_1119 fliS 392839 Dde_0639 null 392840 Dde_0638 flgM 395191 Dde_1570 flaD 394461 Dde_2399 null 394462 Dde_2398 null 394475 Dde_2384 null 393985 Dde_3018 null 394476 Dde_2382 null 395184 Dde_1577 cheA-2 # TF - DVU2802: Dde_1614 395152 Dde_1614 null 3334315 Dde_1615 null 3334316 Dde_1616 null 395148 Dde_1617 null # TF - ArsR2: Dde_4055 3334568 Dde_2790 null 394141 Dde_2791 arsB 394140 Dde_2792 arsC-1 394139 Dde_2793 arsC-2 # TF - DVU2644: Dde_2579 394307 Dde_2582 null 394308 Dde_2581 null 394309 Dde_2580 null # TF - DVU0379: Dde_0463 392988 Dde_0461 nhaC 3334007 Dde_0462 null 392986 Dde_0463 null 392985 Dde_0464 null 392984 Dde_0465 trxB 3334008 Dde_0466 null 392982 Dde_0467 null # TF - DVU0030: Dde_0157 393252 Dde_0158 null 393251 Dde_0159 null 393253 Dde_0157 null # TF - Dde_1200: Dde_1200 395499 Dde_1201 null 395498 Dde_1202 null 395497 Dde_1203 null 395496 Dde_1204 null # TF - CooA: Dde_3027 393975 Dde_3028 cooS 393974 Dde_3029 cooC # TF - BirA: Dde_2654 394250 Dde_2654 birA 394249 Dde_2655 bioB 394248 Dde_2656 bioA 405412 Dde_2657 DVU2560 394247 Dde_2658 fabG 394246 Dde_2659 acpP 3334533 Dde_2660 fabF 3334534 Dde_2661 Dde_2651 394243 Dde_2662 bioF 3334535 Dde_2663 bioD # TF - SmtB: Dde_0747 393271 Dde_0132 null # TF - SahR: Dde_3135 395258 Dde_1498 panC 395259 Dde_1497 null 395260 Dde_1496 metK 393883 Dde_3135 sahR 393884 Dde_3134 ahcY 394523 Dde_2328 metE 394354 Dde_2525 metF 394392 Dde_2476 metT # TF - HcpR: Dde_2644 394546 Dde_2303 null 394469 Dde_2390 null 394470 Dde_2389 null 392952 Dde_0503 null 394261 Dde_2641 hcp 394260 Dde_2642 frdX # TF - DVU0804: Dde_1016 395657 Dde_1017 null 395656 Dde_1018 null # TF - DVU0744: Dde_2825 394049 Dde_2949 null # RNA - FMN 395625 Dde_1050 ribB # RNA - TPP 3334301 Dde_1554 thiS 395206 Dde_1555 thiG 395205 Dde_1556 thiH 3334302 Dde_1557 thiF 395203 Dde_1558 thiE # RNA - Cobalamin 3334667 Dde_3103 cbiK 393911 Dde_3104 btuC 393910 Dde_3105 btuD 393909 Dde_3106 btuF 393908 Dde_3107 cbiL 394523 Dde_2328 metE 393986 Dde_3016 nrdD 393987 Dde_3015 null # RNA - SAM 394396 Dde_2470 null # RNA - Glycine 394099 Dde_2852 glyP # RNA - GEMM_RNA_motif 395825 Dde_0820 COG2204 # TF - DVU1964/DVU1967: Dde_3112, Dde_0224, Dde_0235 393198 Dde_0224 DVU1967 393199 Dde_0223 null 393200 Dde_0222 null 393201 Dde_0221 null # TF - LexA: Dde_0893, Dde_1932 3334128 Dde_0894 Dde_0894 3334129 Dde_0895 Dde_0895 395761 Dde_0896 cisA 395760 Dde_0897 Dde_0897 405421 Dde_1933 Dde_0894 3334378 Dde_1934 Dde_0895 394874 Dde_1935 cisA 394873 Dde_1936 Dde_0897 395764 Dde_0893 lexA 395765 Dde_0892 Dde_0892 395766 Dde_0891 Dde_0891 395767 Dde_0890 Dde_0890 394876 Dde_1932 lexA 394877 Dde_1931 Dde_0892 405422 Dde_1930 Dde_0891 # TF - ModE2: Dde_3511, Dde_3521 393570 Dde_3538 null 393569 Dde_3539 null 3334781 Dde_3511 null 393190 Dde_0234 null 393191 Dde_0233 cysW 393192 Dde_0232 cysA 394403 Dde_2460 aor-4 3334075 Dde_0715 null 3334076 Dde_0716 null 3334077 Dde_0717 null 395910 Dde_0718 , 393593 Dde_3512 fdnG 3334782 Dde_3513 null 393591 Dde_3514 null 393590 Dde_3515 null 393589 Dde_3516 fdhD 405447 Dde_0814 null 395830 Dde_0813 fdnG 395831 Dde_0812 fdoH # TF - OhcR: Dde_0659 392824 Dde_0657 null 392825 Dde_0656 Desal_0830 # TF - HmcR: Dde_0647 392827 Dde_0653 hmcA 392828 Dde_0652 hmcB 392829 Dde_0651 hmcC 405363 Dde_0650 hmcD 392830 Dde_0649 hmcE 392831 Dde_0648 hmcF 392832 Dde_0647 hmcR # TF - TmcR: Dde_3719 3334833 Dde_3707 tmcD 393425 Dde_3708 tmcC 393424 Dde_3709 tmcB 393423 Dde_3710 tmcA 393422 Dde_3711 null 393421 Dde_3712 null 393420 Dde_3713 mtrA 393419 Dde_3714 divK 393418 Dde_3715 null # TF - Rex: Dde_2702 395679 Dde_0990 atpF1 395680 Dde_0989 atpF2 395681 Dde_0988 atpH 395682 Dde_0987 atpA 395683 Dde_0986 atpG 395684 Dde_0985 atpD 395685 Dde_0984 atpC 392933 Dde_0526 dsrA 392932 Dde_0527 dsrB 392931 Dde_0528 dsrD 3334625 Dde_2932 qrcA 394061 Dde_2933 qrcB 394060 Dde_2934 qrcC 394059 Dde_2935 qrcD 3334355 Dde_1778 ppaC 3334412 Dde_2134 hysB 394696 Dde_2135 hysA 394579 Dde_2265 sat 394768 Dde_2058 hupB 395171 Dde_1591 null 395172 Dde_1590 null 395550 Dde_1140 null 392906 Dde_0552 null 395578 Dde_1109 apsB 3334179 Dde_1110 apsA 395576 Dde_1111 qmoA 395575 Dde_1112 qmoB 395574 Dde_1113 qmoC 395573 Dde_1114 null 395604 Dde_1076 phsA 395605 Dde_1075 phsB 3334035 Dde_0580 dhcA 392882 Dde_0581 rnfC 392881 Dde_0582 rnfD 392880 Dde_0583 rnfG 392879 Dde_0584 rnfE 392878 Dde_0585 rnfA 392877 Dde_0586 rnfB 392876 Dde_0587 null 394212 Dde_2702 rex 394216 Dde_2698 atpI1 394215 Dde_2699 atpI2 394214 Dde_2700 atpB 394213 Dde_2701 atpE 3334401 Dde_2028 adk 394369 Dde_2506 null 394576 Dde_2270 null 394575 Dde_2271 dsrM 394574 Dde_2272 dsrK 394573 Dde_2273 dsrJ 394572 Dde_2274 dsrO 394571 Dde_2275 dsrP # TF - HrsM: Dde_2226 3334412 Dde_2134 hysB 394696 Dde_2135 hysA # TF - DVU2827: Dde_1270 395450 Dde_1275 dtcP 395451 Dde_1274 dctM 395452 Dde_1273 null 395453 Dde_1272 null 395449 Dde_1278 null # TF - PhnF: Dde_3327 393729 Dde_3327 phnF 393728 Dde_3328 phnG 393727 Dde_3329 phnH 393726 Dde_3330 phnI 393725 Dde_3331 phnJ 393724 Dde_3332 phnK 393723 Dde_3333 phnL 393722 Dde_3334 phnM 393721 Dde_3335 rcsF 393720 Dde_3336 phnN # TF - NifA-1: Dde_1635 393610 Dde_3492 amtB2 393609 Dde_3493 glnB2 393294 Dde_0104 glnA 395483 Dde_1218 DVU0671 394538 Dde_2311 amtB 394539 Dde_2310 glnB 394540 Dde_2309 glnD 393295 Dde_0102 glnN 395323 Dde_1428 glnQ 395322 Dde_1429 null 395321 Dde_1430 gltJ 395320 Dde_1431 null 394977 Dde_1814 gltB-1 394976 Dde_1815 null 394975 Dde_1816 gltB 394158 Dde_2763 null 394157 Dde_2764 null 394156 Dde_2765 null 395132 Dde_1634 null 3334318 Dde_1635 nifA-1 # TF - DVU2114: Dde_2355 394500 Dde_2357 null 394499 Dde_2358 null 394498 Dde_2359 null 394497 Dde_2360 cpaC 394496 Dde_2361 null 394495 Dde_2362 null 3334455 Dde_2363 cpaF 394493 Dde_2364 null 394492 Dde_2365 null 394491 Dde_2366 null 394490 Dde_2367 null 394489 Dde_2368 null 394488 Dde_2369 null 3334456 Dde_2370 null 394500 Dde_2357 null 394499 Dde_2358 null 394498 Dde_2359 null 394497 Dde_2360 cpaC 394496 Dde_2361 null 394495 Dde_2362 null 3334455 Dde_2363 null 394493 Dde_2364 null 394492 Dde_2365 null 394491 Dde_2366 null 394490 Dde_2367 null 394489 Dde_2368 null 394488 Dde_2369 null 3334456 Dde_2370 null # TF - DVU2894: Dde_2959 3334291 Dde_1501 null 393537 Dde_3583 fliP 393538 Dde_3582 fliQ 392896 Dde_0564 null 392897 Dde_0563 null 394039 Dde_2959 flrA # TF - DVU1419: Dde_1685 395089 Dde_1684 hydH 395088 Dde_1685 atoC # TF - DVU0309: Dde_0349 393089 Dde_0348 COG4125 393088 Dde_0349 null # TF - DVU2394: Dde_3536 3334784 Dde_3523 adh 3334785 Dde_3524 hdrC 393581 Dde_3525 hdrB 393580 Dde_3526 hdrA 393579 Dde_3527 hdrD 393578 Dde_3528 null 393577 Dde_3529 null 393576 Dde_3530 null # TF - DVU3023: Dde_3234 393795 Dde_3237 por 393794 Dde_3238 lldP 393793 Dde_3239 glcD 393792 Dde_3240 glcF 393791 Dde_3241 pta 393790 Dde_3242 ackA 393789 Dde_3243 null 393788 Dde_3244 lldG 393787 Dde_3245 lldEF # TF - DVU0621 393795 Dde_3237 null 393794 Dde_3238 lldP 393793 Dde_3239 glcD 393792 Dde_3240 glcF 393791 Dde_3241 pta 393790 Dde_3242 ackA 393789 Dde_3243 null 393788 Dde_3244 lldG 393787 Dde_3245 lldEF # TF - DVU0539/DVU0946: Dde_0879 3334123 Dde_0876 DVU0943 395777 Dde_0877 DVU0944 3334124 Dde_0878 DVU0540 395775 Dde_0879 DVU0539 # TF - DVU0569: Dde_1552 395208 Dde_1553 ald # TF - DVU2106: Dde_3196 405390 Dde_3197 null 393830 Dde_3198 null 393829 Dde_3199 null 393828 Dde_3200 null 393827 Dde_3201 null 393826 Dde_3202 mrp # TF - DVU2359 3334269 Dde_1400 null # TF - PspF: Dde_3227 393804 Dde_3226 pspA 393805 Dde_3225 pspB 393806 Dde_3224 pspC # TF - DVUA0057: Dde_0850 393037 Dde_0404 null 394366 Dde_2510 null 394367 Dde_2509 null 394368 Dde_2507 null # TF - GlpR: Dde_0407 393036 Dde_0407 glpR 393035 Dde_0408 glpD 393034 Dde_0409 glpF 393033 Dde_0410 glpK # TF - DVU2934: Dde_3003 394016 Dde_2986 lpxC # TF - ZraR: Dde_0109 393288 Dde_0111 zraP 394126 Dde_2819 zraP 393289 Dde_0110 zraS 393290 Dde_0109 zraR # TF - RpoN: Dde_1771 395827 Dde_0818 null 395817 Dde_0828 null 395816 Dde_0829 pss 395815 Dde_0830 null 395814 Dde_0831 null 395813 Dde_0832 null 395812 Dde_0833 exeA 395449 Dde_1278 null 395450 Dde_1275 dtcP 395451 Dde_1274 dctM 395452 Dde_1273 null 395453 Dde_1272 null 393111 Dde_0323 null 393110 Dde_0324 null 3333977 Dde_0325 null 393108 Dde_0326 null 393107 Dde_0327 null 393106 Dde_0328 null 3333976 Dde_0318 null 393115 Dde_0319 null 393114 Dde_0320 null 393113 Dde_0321 null 3334784 Dde_3523 adh 3334785 Dde_3524 hdrC 393581 Dde_3525 hdrB 393580 Dde_3526 hdrA 393579 Dde_3527 hdrD 393578 Dde_3528 null 393577 Dde_3529 null 393576 Dde_3530 null 395464 Dde_1258 frdC 395465 Dde_1257 frdA 395466 Dde_1256 frdB 395467 Dde_1255 fumA 395468 Dde_1254 ttdB 395469 Dde_1253 sfcA 393805 Dde_3225 pspB 393806 Dde_3224 pspC 393804 Dde_3226 pspA 394872 Dde_1940 null 393289 Dde_0110 zraS 393290 Dde_0109 zraR 392824 Dde_0657 null 392825 Dde_0656 null 393795 Dde_3237 por 393794 Dde_3238 lldP 393793 Dde_3239 glcD 393792 Dde_3240 glcF 393791 Dde_3241 pta 393790 Dde_3242 ackA 393789 Dde_3243 DVU3031 393788 Dde_3244 lldG 393787 Dde_3245 lldEF 393610 Dde_3492 amt 393609 Dde_3493 glnB 395089 Dde_1684 hydH 395088 Dde_1685 atoC 395063 Dde_1713 fliK 3333984 Dde_0357 null 393225 Dde_0191 null 392833 Dde_0645 null 3334107 Dde_0816 null 393007 Dde_0438 null 393006 Dde_0439 null 395064 Dde_1712 flgD 395065 Dde_1711 flgE 393023 Dde_0420 null 393024 Dde_0419 null 393025 Dde_0418 null 394559 Dde_2287 nudF 394560 Dde_2286 glgA 394561 Dde_2285 glgB 393871 Dde_3153 DVU0518 393872 Dde_3152 flgK 393873 Dde_3151 flgL 393874 Dde_3150 csrA 393875 Dde_3149 fliW 393059 Dde_0380 flhA 393058 Dde_0381 flhF 393057 Dde_0382 fleN 3333988 Dde_0383 fliA 393055 Dde_0384 cheY 393054 Dde_0385 fliL 393053 Dde_0386 null 393052 Dde_0387 null 395931 Dde_0696 cckA 395932 Dde_0695 null 393291 Dde_0108 null 393295 Dde_0102 glnN 394016 Dde_2986 lpxC 3334291 Dde_1501 flaB3 395254 Dde_1502 flaB3 393819 Dde_3211 null 394126 Dde_2819 zraP 392896 Dde_0564 null 392897 Dde_0563 null 393141 Dde_0288 null 395228 Dde_1532 null 394209 Dde_2705 fliJ 394208 Dde_2706 flbB 394207 Dde_2707 truA 394958 Dde_1834 null 394538 Dde_2311 amt 394539 Dde_2310 glnB 394540 Dde_2309 glnD 395657 Dde_1017 null 395656 Dde_1018 null 394368 Dde_2507 null 394367 Dde_2509 null 394366 Dde_2510 null 393037 Dde_0404 null 395004 Dde_1786 mltC 3334356 Dde_1787 null 394038 Dde_2960 null 394037 Dde_2961 null 395113 Dde_1654 null 394500 Dde_2357 null 394499 Dde_2358 cpaA 394498 Dde_2359 cpaB 394497 Dde_2360 cpaC 394496 Dde_2361 null 394495 Dde_2362 null 3334455 Dde_2363 cpaF 394493 Dde_2364 null 394492 Dde_2365 null 394491 Dde_2366 null 394490 Dde_2367 null 394489 Dde_2368 null 394488 Dde_2369 null 3334456 Dde_2370 null 393288 Dde_0111 zraP 395208 Dde_1553 ald 3334123 Dde_0876 null 395777 Dde_0877 null 3334124 Dde_0878 null 395775 Dde_0879 null 3334269 Dde_1400 null 395299 Dde_1455 null 393061 Dde_0378 fliR 393060 Dde_0379 flhB 393529 Dde_3591 era 393530 Dde_3590 null 393531 Dde_3589 motA 393532 Dde_3588 motB 393533 Dde_3587 motB-2 393534 Dde_3586 fliL 393535 Dde_3585 fliN 393536 Dde_3584 fliO 393537 Dde_3583 fliP 393538 Dde_3582 fliQ 393865 Dde_3159 flgF 393866 Dde_3158 flgG 393867 Dde_3157 flgA 393868 Dde_3156 flgH 393869 Dde_3155 flgI 393870 Dde_3154 flgJ 394206 Dde_2708 fliM 405390 Dde_3197 null 393830 Dde_3198 DVU2108 393829 Dde_3199 null 393828 Dde_3200 null 393827 Dde_3201 null 393826 Dde_3202 mrp 393800 Dde_3230 null 395067 Dde_1709 flaB1 393081 Dde_0356 flgB 393082 Dde_0355 flgC 393083 Dde_0354 fliE 393084 Dde_0353 fliF 393085 Dde_0352 fliG 393086 Dde_0351 fliH 393087 Dde_0350 fliI 393133 Dde_0298 flgE 394315 Dde_2573 null 395567 Dde_1120 fliD 395568 Dde_1119 fliS 393007 Dde_0438 null 393006 Dde_0439 null # TF - DVU1063: Dde_1405 393081 Dde_0356 flgB 393082 Dde_0355 flgC 393083 Dde_0354 fliE 393084 Dde_0353 fliF 393085 Dde_0352 fliG 393086 Dde_0351 fliH 393087 Dde_0350 fliI 393141 Dde_0288 null 395063 Dde_1713 fliK 395064 Dde_1712 flgD 395065 Dde_1711 flgE 395113 Dde_1654 null 393133 Dde_0298 flgE 395567 Dde_1120 fliD 395568 Dde_1119 fliS 395299 Dde_1455 null 395067 Dde_1709 flaB1 # TF - GalR: Dde_3654 393475 Dde_3652 galT 393474 Dde_3653 galK 3334821 Dde_3654 galR 3334822 Dde_3655 galM 393471 Dde_3656 galA 393470 Dde_3657 galB 393469 Dde_3658 galC 393468 Dde_3659 galD