# TF - SdhR: CtesDRAFT_0621
>CtesDRAFT_0622(mdh) Score=7.2 Pos=-155 [Comamonas testosteroni KF-1]
GATCATATCTTATATAAGACATAAGA
>CtesDRAFT_0860(aceA) Score=6.1 Pos=-109 [Comamonas testosteroni KF-1]
ATTTCAGTCTTTTATAAGACATAAGA
>CtesDRAFT_0621(sdhR) Score=7.2 Pos=-4 [Comamonas testosteroni KF-1]
TCTTATGTCTTATATAAGATATGATC
# TF - HexR: CtesDRAFT_4624
>CtesDRAFT_3819(pgk) Score=5.2 Pos=-157 [Comamonas testosteroni KF-1]
CTGAAATCCAGTTACAG
>CtesDRAFT_3719(pykA) Score=5.6 Pos=-39 [Comamonas testosteroni KF-1]
TTGAAACCCGATTACAT
# TF - NadQ: CtesDRAFT_2978
>CtesDRAFT_2977(nadC) Score=5.7 Pos=-91 [Comamonas testosteroni KF-1]
TAATGCTCAGATTTAGCATAA
>CtesDRAFT_2977(nadC) Score=5.8 Pos=-11 [Comamonas testosteroni KF-1]
AAATACTCAAAATGAGCATTA
>CtesDRAFT_2575(nadA) Score=6.2 Pos=-52 [Comamonas testosteroni KF-1]
TAATACTCAGATTGAGTATAA
# TF - NrdR: CtesDRAFT_0748
>CtesDRAFT_3006(nrdA) Score=5.2 Pos=-138 [Comamonas testosteroni KF-1]
ACCCCATATCTAGTGT
>CtesDRAFT_3006(nrdA) Score=5.6 Pos=-169 [Comamonas testosteroni KF-1]
ACACTACCGGTAGTGT
# TF - LldR: CtesDRAFT_4929
>CtesDRAFT_4930(lldP) Score=6.1 Pos=-259 [Comamonas testosteroni KF-1]
AATTGGTATTACCAATT
>CtesDRAFT_4930(lldP) Score=5.4 Pos=-162 [Comamonas testosteroni KF-1]
TATTGGTAATACCAATT
# TF - NorR: CtesDRAFT_3303
>CtesDRAFT_3303(norR) Score=4.1 Pos=-56 [Comamonas testosteroni KF-1]
ATGCGTCAATATGACATTG
>CtesDRAFT_3303(norR) Score=3.9 Pos=-31 [Comamonas testosteroni KF-1]
TGCTGTCTTTTTGACACCT
>CtesDRAFT_3303(norR) Score=4.1 Pos=-10 [Comamonas testosteroni KF-1]
CGCTGTCGTTATGACAACT
>CtesDRAFT_3302(hmp) Score=4.1 Pos=-122 [Comamonas testosteroni KF-1]
CAATGTCATATTGACGCAT
>CtesDRAFT_3302(hmp) Score=3.9 Pos=-147 [Comamonas testosteroni KF-1]
AGGTGTCAAAAAGACAGCA
>CtesDRAFT_3302(hmp) Score=4.1 Pos=-168 [Comamonas testosteroni KF-1]
AGTTGTCATAACGACAGCG
# TF - HutC: CtesDRAFT_4038, CtesDRAFT_4040
>CtesDRAFT_4040(hutC) Score=4.9 Pos=-80 [Comamonas testosteroni KF-1]
AAAGTTGTCTATACGAATTT
>CtesDRAFT_4035(hisX) Score=5.1 Pos=-117 [Comamonas testosteroni KF-1]
AAGCCTGTATATACATGTTC
>CtesDRAFT_4039(hutH) Score=4.6 Pos=-24 [Comamonas testosteroni KF-1]
TTGACTGTATAGACAGGTAT
>CtesDRAFT_4041(COG1457 (CodB)) Score=4.9 Pos=-85 [Comamonas testosteroni KF-1]
AAATTCGTATAGACAACTTT
>CtesDRAFT_4035(hisX) Score=4.5 Pos=-164 [Comamonas testosteroni KF-1]
ATGCATGTCTATACAGCTGT
# TF - IscR: CtesDRAFT_1260
>CtesDRAFT_1260(iscR) Score=5.8 Pos=-182 [Comamonas testosteroni KF-1]
TTACCCGACAAAATTGATGGGGAAT
>CtesDRAFT_1260(iscR) Score=5.6 Pos=-152 [Comamonas testosteroni KF-1]
ATACTCGCGTCAAACACTCAACAAC
# TF - NtrC: CtesDRAFT_0728
>CtesDRAFT_0725(glnA) Score=4.7 Pos=-238 [Comamonas testosteroni KF-1]
TTCGCCAAGATGGTGCA
>CtesDRAFT_0725(glnA) Score=5.9 Pos=-261 [Comamonas testosteroni KF-1]
TGCACCACATTGGTGCA
>CtesDRAFT_4075(CHP02001) Score=4.9 Pos=-288 [Comamonas testosteroni KF-1]
ATCACCTGTTTGGTGCA
>CtesDRAFT_4075(CHP02001) Score=5.6 Pos=-228 [Comamonas testosteroni KF-1]
CGCACCATCTTGGTGCA
>CtesDRAFT_4523(nrtA) Score=4.5 Pos=-232 [Comamonas testosteroni KF-1]
TGCACCAAATATGGGCC
>CtesDRAFT_4526(nasD) Score=4.8 Pos=-219 [Comamonas testosteroni KF-1]
TGCACAAAAGCAGTGCA
# TF - ModE: CtesDRAFT_2991
>CtesDRAFT_2992(modA) Score=7.3 Pos=-13 [Comamonas testosteroni KF-1]
CGCTATTCAAACAATGAATAGCG
>CtesDRAFT_2991(modE) Score=7.1 Pos=-89 [Comamonas testosteroni KF-1]
CGCTATTCATTGTTTGAATAGCG
# TF - LexA: CtesDRAFT_1157
>CtesDRAFT_1157(lexA) Score=5.6 Pos=-67 [Comamonas testosteroni KF-1]
AACTGATTAAAAATACAGGT
>CtesDRAFT_1157(lexA) Score=5.6 Pos=-48 [Comamonas testosteroni KF-1]
TACTGGATGAACACACAGTA
>CtesDRAFT_1921(imuA) Score=5.6 Pos=-35 [Comamonas testosteroni KF-1]
GACTGTATATTTGTACAGTA
>CtesDRAFT_1895(PF08774) Score=5.6 Pos=-6 [Comamonas testosteroni KF-1]
AGCTGTATGAAAATACAGGT
>CtesDRAFT_5182(parE) Score=4.4 Pos=-52 [Comamonas testosteroni KF-1]
AACTGTGAATTTATCCAGCT
>CtesDRAFT_3877(recA) Score=4.3 Pos=-76 [Comamonas testosteroni KF-1]
TACTGTTCAAGCATCCAGCC
# TF - LiuR: CtesDRAFT_4404
>CtesDRAFT_4404(liuR) Score=6.6 Pos=-74 [Comamonas testosteroni KF-1]
ATTGACGTTAACGTAAAC
>CtesDRAFT_4404(liuR) Score=5 Pos=-68 [Comamonas testosteroni KF-1]
GTTAACGTAAACGTCAGT
>CtesDRAFT_4405(paaI) Score=6.6 Pos=-50 [Comamonas testosteroni KF-1]
ATTGACGTTTACGTAAAC
>CtesDRAFT_4405(paaI) Score=5.3 Pos=-44 [Comamonas testosteroni KF-1]
GTTTACGTAAACGTCAAT
>CtesDRAFT_0547(etfB) Score=5.3 Pos=-44 [Comamonas testosteroni KF-1]
GTTTACGTAAACGTCAAT
>CtesDRAFT_1104(acdH) Score=5.1 Pos=-166 [Comamonas testosteroni KF-1]
GTTTACGTAAACGTCAAA
>CtesDRAFT_1104(acdH) Score=5.1 Pos=-172 [Comamonas testosteroni KF-1]
CATTCCGTTTACGTAAAC
>CtesDRAFT_5453(paaH) Score=6.4 Pos=-48 [Comamonas testosteroni KF-1]
ATTGACGTTTACGTCAAC
>CtesDRAFT_5453(paaH) Score=5.1 Pos=-42 [Comamonas testosteroni KF-1]
GTTTACGTCAACGTCAAT
# TF - FadP: CtesDRAFT_3123
>CtesDRAFT_0956(fadB) Score=5.2 Pos=-44 [Comamonas testosteroni KF-1]
ACGCACGACCGTTCTT
>CtesDRAFT_3565 Score=5 Pos=-69 [Comamonas testosteroni KF-1]
ATGCACGACCGTTCGC
>CtesDRAFT_3123(fadP) Score=5.1 Pos=-31 [Comamonas testosteroni KF-1]
TAGAACGAACGTTCGT
# TF - VanR: CtesDRAFT_3110
>CtesDRAFT_3110(vanR) Score=4.9 Pos=-46 [Comamonas testosteroni KF-1]
TGTATACA
>CtesDRAFT_3110(vanR) Score=4.9 Pos=-111 [Comamonas testosteroni KF-1]
TGTATACA
>CtesDRAFT_4801(CtesDRAFT_4801) Score=4.1 Pos=-150 [Comamonas testosteroni KF-1]
TGTTTACA
# RNA - TPP
>CtesDRAFT_2085(PF04443) Score=48.7 Pos=-163 [Comamonas testosteroni KF-1]
GCGCCGCGCTCCGGGGTGCACGCCAGTGCTGAGATCTACACCCGCGAACTTGACCCGGTTCATACCGGCGGAAGAAGAGCTTGCAAGCTGACC
>CtesDRAFT_0498(thiC) Score=58 Pos=-346 [Comamonas testosteroni KF-1]
ATGCAGCTCCGGGGTGTGCGAAAGCGCTGAGATGCCAGTCACTGTGAAAACAGTACAGGCGAACCCGACGAACTTGATCCGGTTCATACCGGCGGAAGAAGAGCGGGACCCTGACGCAG
>CtesDRAFT_0940(cytX) Score=32.2 Pos=-213 [Comamonas testosteroni KF-1]
GCAGCAATGCTGGGGGTGTCCTGACTATGACCGGTCAGGGCTGAGAGAGTCCCTTTGAACCTGATTGCGCAAGCGGTGTCTTGACCACCGCTTGCCCGAGATCATCCTCGCGCAGGGAAGCTGTCCAAGGTGTCA
# RNA - FMN
>CtesDRAFT_2527(ribH2) Score=101.7 Pos=-203 [Comamonas testosteroni KF-1]
GCAGCGTTCTCAGGGCGGGGTGCAATTCCCCACCGGCGGTATCTGCGGCAATGCCTTGCATTGACTGCAGCAGCCCGCGAGCGCCTGCAGTCTCGCCAGAGCCTGCAGGGTCAGCAGATCTGGTGAGATGCCAGAGCCGACGGTCATAGTCCGGATGAAAGAGATCGCGC
# TF - HrcA: CtesDRAFT_4775
>CtesDRAFT_4575(groS) Score=7 Pos=-111 [Comamonas testosteroni KF-1]
TTAGCACTCAATGGGGTTGAGTGCTAA
>CtesDRAFT_2864(rpoH) Score=6.8 Pos=-28 [Comamonas testosteroni KF-1]
TTAGCACTCTCTCTAACGGAGTGCTAA
# TF - GntR: CtesDRAFT_0562
>CtesDRAFT_0562(gntR) Score=6.3 Pos=-181 [Comamonas testosteroni KF-1]
TTTGGATAGCGCTATCCGAT
>CtesDRAFT_0562(gntR) Score=6 Pos=-55 [Comamonas testosteroni KF-1]
TCCGGATAGCGCTATCATAA
>CtesDRAFT_0561(gntK) Score=6.3 Pos=-21 [Comamonas testosteroni KF-1]
ATCGGATAGCGCTATCCAAA
>CtesDRAFT_0561(gntK) Score=6 Pos=-147 [Comamonas testosteroni KF-1]
TTATGATAGCGCTATCCGGA
# TF - SoxR: CtesDRAFT_3229
>CtesDRAFT_3230(PF01042) Score=6.5 Pos=-99 [Comamonas testosteroni KF-1]
ACCTCAAGCTTAGTTGAGGT
>CtesDRAFT_3229(soxR) Score=6.5 Pos=-32 [Comamonas testosteroni KF-1]
ACCTCAACTAAGCTTGAGGT
# TF - MerR: CtesDRAFT_1788
>CtesDRAFT_1787(merT) Score=6.3 Pos=-63 [Comamonas testosteroni KF-1]
ACTCCGTACATAACTACGGAAG
# TF - CadR-PbrR: CtesDRAFT_2651, CtesDRAFT_1759, CtesDRAFT_0051
>CtesDRAFT_1695(cadA) Score=5.8 Pos=-55 [Comamonas testosteroni KF-1]
ACTCTATACCAACTACAGGGT
>CtesDRAFT_2651(pbrR) Score=6.3 Pos=-44 [Comamonas testosteroni KF-1]
ACCCTATAGCTACTATAGAGT
>CtesDRAFT_2650(cadA) Score=6.3 Pos=-61 [Comamonas testosteroni KF-1]
ACTCTATAGTAGCTATAGGGT
>CtesDRAFT_1793(cadA) Score=4.7 Pos=-150 [Comamonas testosteroni KF-1]
ACTCTCAATCTGCTTTAGGGT
>CtesDRAFT_0050(cadA) Score=5 Pos=-34 [Comamonas testosteroni KF-1]
ACCTTGAAGTGACTTTATTGT
# RNA - SAH_riboswitch
>CtesDRAFT_4006(metH) Score=51.8 Pos=-145 [Comamonas testosteroni KF-1]
CCCCCGAGGAGCGCTGCAGCCGGTCATCACAGAGATGTTTGACCCGTCAGGCTCGGGGTGGCAGATCCGGTTGGCGATCTGCCCGTACCCACAACGGCGCTCACCTGTTCT
>CtesDRAFT_4458(ahcY) Score=45.2 Pos=-171 [Comamonas testosteroni KF-1]
CATCCGAGGAGCGTTGCAGCGTTCCCCAGCCAGCCATGAGCTGGCCTGCGCGGGGCGTGAGGCTCGGATTTCATCCCGCAACGACGCTCGCCCACGCT
# TF - CueR: CtesDRAFT_3914
>CtesDRAFT_3915(copZ) Score=4.9 Pos=-80 [Comamonas testosteroni KF-1]
ACCTTGTCATGATGTTAGGGT
# TF - Aave_3515: CtesDRAFT_4488
>CtesDRAFT_4488(Aave_3515) Score=5.5 Pos=-160 [Comamonas testosteroni KF-1]
AATTGTTGAACAATC
>CtesDRAFT_4488(Aave_3515) Score=3.2 Pos=-117 [Comamonas testosteroni KF-1]
GTTTGCAGAACAAAT
>CtesDRAFT_4489(COG3819) Score=5.5 Pos=-147 [Comamonas testosteroni KF-1]
GATTGTTCAACAATT
# TF - Daci_3836: CtesDRAFT_2682
>CtesDRAFT_2681(uahA) Score=4.3 Pos=-25 [Comamonas testosteroni KF-1]
TCTTGTATACATTT
# TF - UreR: CtesDRAFT_0604
>CtesDRAFT_0603(ureT) Score=5.6 Pos=-167 [Comamonas testosteroni KF-1]
ACTGGTAATACCAGT
>CtesDRAFT_0603(ureT) Score=5.3 Pos=-45 [Comamonas testosteroni KF-1]
ACCGGTAATACCAGT
>CtesDRAFT_0602(ureH) Score=5.3 Pos=-163 [Comamonas testosteroni KF-1]
ACTGGTATTACCGGT
>CtesDRAFT_0602(ureH) Score=5.6 Pos=-41 [Comamonas testosteroni KF-1]
ACTGGTATTACCAGT
# TF - MetR: CtesDRAFT_5279
>CtesDRAFT_5278(metE) Score=4.6 Pos=-21 [Comamonas testosteroni KF-1]
GTGAACACAATTCAT
>CtesDRAFT_5279(metR) Score=4.6 Pos=-17 [Comamonas testosteroni KF-1]
ATGAATTGTGTTCAC
# TF - Daci_1890: CtesDRAFT_0887
>CtesDRAFT_0888(COG697) Score=11.3 Pos=-107 [Comamonas testosteroni KF-1]
TTCTGTACTGG-(7)-TGAATACAGTT-(6)-AACTGTGCTGT
# TF - ModE2: CtesDRAFT_0896
>CtesDRAFT_0891(COG1720) Score=5.9 Pos=-50 [Comamonas testosteroni KF-1]
CACGTTATATTTGACGGAATATAACACT
>CtesDRAFT_0892(modA) Score=5.9 Pos=-68 [Comamonas testosteroni KF-1]
AGTGTTATATTCCGTCAAATATAACGTG
# TF - Daci_0595: CtesDRAFT_1191, CtesDRAFT_4336
>CtesDRAFT_4335(COG1167) Score=15 Pos=-369 [Comamonas testosteroni KF-1]
GAACTGTATTG-(10)-CAATACAGAAG-(15)-TGTCTGTATAG-(0)-GTACTGTAATG
>CtesDRAFT_1190(PF01810) Score=17.6 Pos=-121 [Comamonas testosteroni KF-1]
AAAGTGTCAGG-(10)-CAGGCCAGCTC-(15)-AAAGTGTACCG-(0)-ATAGTGTACTG
# TF - PdxR: CtesDRAFT_4060
>CtesDRAFT_4061(PF03594) Score=13.9 Pos=-109 [Comamonas testosteroni KF-1]
AATTGGTCTG-(13)-AAGTGGCGGG-(6)-CAGTCCATTT
# TF - Aave_3430: CtesDRAFT_4867
>CtesDRAFT_4867(Aave_3430) Score=13.5 Pos=-108 [Comamonas testosteroni KF-1]
ACAGGCACAGCAAC-(11)-GGCGTAGCAGCGCG-(9)-GTATCTGTTCTGCT-(11)-CAATCTGTATCTGT
>CtesDRAFT_5133 Score=19.2 Pos=-102 [Comamonas testosteroni KF-1]
ACAGATACAGATTG-(11)-AGCAGAACAGATAC-(9)-CGCGCTGCTACGCC-(11)-GTTGCTGTGCCTGT
# TF - TauR: CtesDRAFT_2751
>CtesDRAFT_2755(tauA) Score=9 Pos=-213 [Comamonas testosteroni KF-1]
CTGGACCTAA-------------CTGGCCCTAC
>CtesDRAFT_2753(tauX) Score=6.6 Pos=-149 [Comamonas testosteroni KF-1]
TTGGACTTAA-------------CTGGTTCTAC
>CtesDRAFT_2754(tauY) Score=7.6 Pos=-174 [Comamonas testosteroni KF-1]
CTGGCTCCAT-------------GTGGCCCTAA
# TF - GguR: CtesDRAFT_4119
>CtesDRAFT_4119(gguR) Score=5.5 Pos=-38 [Comamonas testosteroni KF-1]
ATGTTGTCGTACAACTG
>CtesDRAFT_4118(gudD2) Score=5.5 Pos=-80 [Comamonas testosteroni KF-1]
CAGTTGTACGACAACAT
>CtesDRAFT_4120(tctC1) Score=4.4 Pos=-41 [Comamonas testosteroni KF-1]
TAGTTGTATGATGACTG