# TF - NsrR: Bamb_1786 1920130 Bamb_4090 hcp 1920129 Bamb_4089 hcr 1916673 Bamb_0627 hmp # TF - HexR: Bamb_0554 1916600 Bamb_0554 hexR 1916873 Bamb_0827 zwf 1916872 Bamb_0826 pgl 1916871 Bamb_0825 glk 1916601 Bamb_0555 edd 1916602 Bamb_0556 eda # TF - NrdR: Bamb_0684 1916543 Bamb_0497 nrdA 1916544 Bamb_0498 nrdB # TF - Zur: Bamb_2647 1918690 Bamb_2647 zur 1918691 Bamb_2648 znuA 1918692 Bamb_2649 znuC 1918693 Bamb_2650 znuB 1919912 Bamb_3871 omr # TF - LldR: Bamb_2802 1918845 Bamb_2802 lldR 1918846 Bamb_2803 lldE 1918847 Bamb_2804 lldG 1918848 Bamb_2805 lldF 1918849 Bamb_2806 lldP # TF - HutC: Bamb_5835, Bamb_5462, Bamb_2210 1917174 Bamb_1129 COG1457 (CodB) 1920933 Bamb_4897 COG834 (HisJ) 1920932 Bamb_4896 COG5285 1921497 Bamb_5463 hisJ 1921498 Bamb_5464 hisQ 1921499 Bamb_5465 hisM 1921500 Bamb_5466 hisP 1921496 Bamb_5462 hutC 1918254 Bamb_2211 hutH 1918253 Bamb_2210 hutC 1918252 Bamb_2209 hutU 1918251 Bamb_2208 hutD 1918250 Bamb_2207 hutI 1918249 Bamb_2206 hutF 1918248 Bamb_2205 hutG 1918255 Bamb_2212 COG834 (HisJ) 1917141 Bamb_1095 hisT # TF - HypR: Bamb_6120 1922138 Bamb_6107 hypD 1922151 Bamb_6120 hypR # TF - IscR: Bamb_2164 1918207 Bamb_2164 iscR 1918206 Bamb_2163 iscS 1918205 Bamb_2162 iscU 1918204 Bamb_2161 iscA 1918203 Bamb_2160 hscB 1918202 Bamb_2159 hscA 1918201 Bamb_2158 fdx 1918200 Bamb_2157 yfhJ # TF - NagQ: Bamb_2885 1918928 Bamb_2885 nagQ 1918927 Bamb_2884 nagA 1918926 Bamb_2883 nagB2 1918925 Bamb_2882 ptsI 1918924 Bamb_2881 nagE # TF - GlcC: Bamb_4937 1920973 Bamb_4937 glcC 1920974 Bamb_4938 glcD 1920975 Bamb_4939 glcE 1920976 Bamb_4940 glcF 1920977 Bamb_4941 glcG 1920978 Bamb_4942 glcB # TF - NtrC: Bamb_2184 1917131 Bamb_1085 amtB 1919978 Bamb_3937 narK 1919977 Bamb_3936 nasD 1919976 Bamb_3935 nasE 1919975 Bamb_3934 nasBA 1918229 Bamb_2186 glnA 1918228 Bamb_2185 ntrB 1918227 Bamb_2184 ntrC # TF - RbsR: Bamb_1506 1917548 Bamb_1503 rbsB 1917549 Bamb_1504 rbsA 1917550 Bamb_1505 rbsC 1917551 Bamb_1506 rbsR 1917552 Bamb_1507 rbsK # TF - ModE: Bamb_3225 1919271 Bamb_3228 modA 1919270 Bamb_3227 modB 1919269 Bamb_3226 modC # TF - LexA: Bamb_1496 1916988 Bamb_0942 PF04055 1921006 Bamb_4970 PF10616 1921005 Bamb_4969 PF00589 1922279 Bamb_6248 uvrA 1917541 Bamb_1496 lexA 1918742 Bamb_2699 recA 1918741 Bamb_2698 recX 1919600 Bamb_3559 BPSS1334 1918931 Bamb_2888 imuA 1918930 Bamb_2887 imuB 1918929 Bamb_2886 dnaE2 1918222 Bamb_2179 dinB 1919841 Bamb_3800 PF08774 1919842 Bamb_3801 PF06733 # TF - PsrA: Bamb_1417 1917043 Bamb_0997 fabH 1917044 Bamb_0998 fabD 1917045 Bamb_0999 fabG 1917046 Bamb_1000 acpP 1917047 Bamb_1001 fabF 1917462 Bamb_1417 psrA 1917461 Bamb_1416 fadD # TF - RutR: Bamb_5968 1921998 Bamb_5967 pydC 1921997 Bamb_5966 pydX 1921996 Bamb_5965 pydA 1921995 Bamb_5964 pydP 1921994 Bamb_5963 pydB 1921999 Bamb_5968 rutR # TF - FadP: Bamb_2773 1917391 Bamb_1346 etfD 1918649 Bamb_2606 fadD2 1916497 Bamb_0451 fadD1 1918816 Bamb_2773 fadP 1917937 Bamb_1894 fadB 1917936 Bamb_1893 pncA 1917935 Bamb_1892 fadA 1919056 Bamb_3013 nppD 1916984 Bamb_0938 etfB 1916985 Bamb_0939 etfA 1919581 Bamb_3540 null 1918314 Bamb_2271 null 1918313 Bamb_2270 acdQ 1918312 Bamb_2269 acdP 1918311 Bamb_2268 maoC 1918310 Bamb_2267 echI # TF - LiuQ: Bamb_4589 1920625 Bamb_4588 liuA 1920624 Bamb_4587 liuB 1920623 Bamb_4586 liuC 1920622 Bamb_4585 liuD 1920626 Bamb_4589 liuQ # TF - PaaR: Bamb_0243 1920001 Bamb_3960 paaH 1920000 Bamb_3959 paaK2 1919999 Bamb_3958 paaF2 1916494 Bamb_0448 paaZ 1916493 Bamb_0447 paaJ 1916492 Bamb_0446 paaF 1916491 Bamb_0445 paaY 1916490 Bamb_0444 paaK 1916495 Bamb_0449 paaG 1916296 Bamb_0249 paaA 1916295 Bamb_0248 paaB 1916294 Bamb_0247 paaC 1916293 Bamb_0246 paaD 1916292 Bamb_0245 paaE 1916291 Bamb_0244 paaW 1916290 Bamb_0243 paaR # RNA - FMN 1918785 Bamb_2742 ribB # RNA - TPP 1916375 Bamb_0328 thiO 1916376 Bamb_0329 thiS 1916377 Bamb_0330 thiG 1916378 Bamb_0331 thiE 1917151 Bamb_1105 thiC # RNA - Cobalamin 1919927 Bamb_3886 btuB1 1917619 Bamb_1574 cobG 1917618 Bamb_1573 cbiC 1917617 Bamb_1572 cbiL 1917616 Bamb_1571 cbiGH 1920686 Bamb_4649 bglu_2g19320 1920685 Bamb_4648 cbtA 1917601 Bamb_1556 cobW 1917602 Bamb_1557 cobN 1917603 Bamb_1558 chlI 1917604 Bamb_1559 chlD 1917599 Bamb_1554 cysG 1917598 Bamb_1553 cbiG 1917597 Bamb_1552 btuR 1917596 Bamb_1551 cbiA # RNA - SAH_riboswitch 1916234 Bamb_0186 ahcY 1916235 Bamb_0187 PF04020 1916236 Bamb_0188 metF # RNA - Glycine 1916181 Bamb_0133 gcvT 1916180 Bamb_0132 gcvH 1916179 Bamb_0131 gcvP 1916178 Bamb_0130 null 1916177 Bamb_0129 sdaA # RNA - yybP-ykoY 1921220 Bamb_5184 COG0530 1916926 Bamb_0880 COG2119 # RNA - mini-ykkC 1918363 Bamb_2320 ykkC # RNA - sucA 1917435 Bamb_1390 sucA 1917436 Bamb_1391 sucB 1917437 Bamb_1392 lpdA # TF - HrcA: Bamb_0639 1918918 Bamb_2875 rpoH 1916778 Bamb_0732 groS 1916779 Bamb_0733 groL # TF - NmlR: Bamb_1782 1917825 Bamb_1782 nmlR 1917824 Bamb_1781 pcaC # TF - SoxR: Bamb_4130 1920170 Bamb_4130 soxR 1920169 Bamb_4129 null 1919993 Bamb_3952 PF11811 # TF - CueR: Bamb_2255 1919079 Bamb_3036 copZ # TF - CadR-PbrR: Bamb_0113 1916162 Bamb_0114 cadA # TF - Bphy_4590: Bamb_1342 1917388 Bamb_1343 Bphy_4591 1917389 Bamb_1344 Bphy_4592 1917390 Bamb_1345 COG0329 1917387 Bamb_1342 Bphy_4590 # TF - Bamb_4155: Bamb_4155 1920198 Bamb_4158 Bamb_4158 1920197 Bamb_4157 Bamb_4157 1920196 Bamb_4156 Bamb_4156 # TF - PtxS: Bamb_1651 1917699 Bamb_1655 kguE 1917698 Bamb_1654 kguK 1917697 Bamb_1653 kguT 1917696 Bamb_1652 kguD 1919686 Bamb_3645 gadC 1919687 Bamb_3646 gadB 1919688 Bamb_3647 gadA # TF - Bamb_2736: Bamb_2736 1918780 Bamb_2737 SSF51658 1918781 Bamb_2738 COG4130 1918782 Bamb_2739 Bamb_2739 1918783 Bamb_2740 iolG 1918779 Bamb_2736 Bamb_2736 # TF - ScrR: Bamb_3699 1919740 Bamb_3699 scrR 1919739 Bamb_3698 sacB 1919738 Bamb_3697 scrB # TF - GabR: Bamb_4710, Bamb_3295 1919338 Bamb_3296 gbtA 1919339 Bamb_3297 gbtD 1919340 Bamb_3298 gbtB 1919341 Bamb_3299 gbtC 1920748 Bamb_4711 gabT 1920749 Bamb_4712 gabD # TF - BPSL1304: Bamb_1118 1917164 Bamb_1118 BPSL1304 1917163 Bamb_1117 RSc1791 1917162 Bamb_1116 RSc1792 1917161 Bamb_1115 RSc1793 1917160 Bamb_1114 RSc1794 1917159 Bamb_1113 RSc1795 # TF - FdsR: Bamb_0898 1916943 Bamb_0897 fdsG 1916942 Bamb_0896 fdsB 1916941 Bamb_0895 fdsA 1916940 Bamb_0894 fdsD 1916944 Bamb_0898 fdsR # TF - Bamb_1959: Bamb_1959 1918002 Bamb_1959 Bamb_1959 1918003 Bamb_1960 PA2298 1918004 Bamb_1961 PA2297 1918005 Bamb_1962 PA2293 1918006 Bamb_1963 PA2292 1918001 Bamb_1958 Bamb_1958 # TF - UraR: Bamb_1954 1917997 Bamb_1954 uraR 1917996 Bamb_1953 pbuT 1917995 Bamb_1952 hyuE 1917994 Bamb_1951 COG0726 1917993 Bamb_1950 uraO 1917992 Bamb_1949 allC 1917991 Bamb_1948 allA # TF - UreR: Bamb_0540 1916586 Bamb_0540 ureR 1916587 Bamb_0541 dctA 1916588 Bamb_0542 allH 1916589 Bamb_0543 ureH # TF - PhnR2: Bamb_3197 1919240 Bamb_3197 phnR2 1919238 Bamb_3195 Bamb_3195 1919239 Bamb_3196 Bamb_3196 1919237 Bamb_3194 phnA 1919236 Bamb_3193 Bamb_3193 # TF - MetR: Bamb_4647 1920684 Bamb_4647 metR 1920683 Bamb_4646 metE # TF - EutR: Bamb_6017 1922049 Bamb_6018 eutB 1922050 Bamb_6019 eutC 1922051 Bamb_6020 eutD 1922052 Bamb_6021 eutE 1922053 Bamb_6022 doeX 1922054 Bamb_6023 doeC 1922055 Bamb_6024 doeD 1922048 Bamb_6017 eutR # TF - PdxW: Bamb_3950, Bamb_5126 1919992 Bamb_3951 PF00583 1921161 Bamb_5125 PF00583 # TF - BPSL1086: Bamb_2384 1921060 Bamb_5024 PF01810 1918428 Bamb_2385 BMA1950 1918429 Bamb_2386 PF00892 1918430 Bamb_2387 aspB 1918431 Bamb_2388 COG251 (TdcF) 1918432 Bamb_2389 COG384 (PhzF) # TF - Bamb_4265: Bamb_4265 1920304 Bamb_4264 COG697 # TF - Bamb_6386: Bamb_6386 1922418 Bamb_6387 PF01966 1922416 Bamb_6385 COG1917 1922415 Bamb_6384 COG2128 # TF - Bamb_5788: Bamb_5788 1921821 Bamb_5787 PF01370 # TF - SdhR: Bamb_3310 1919920 Bamb_3879 aceA 1918615 Bamb_2572 icd 1921726 Bamb_5692 acnB 1919352 Bamb_3310 sdhR 1919353 Bamb_3311 sdhC 1919354 Bamb_3312 sdhD 1919355 Bamb_3313 sdhA 1919356 Bamb_3314 sdhB 1919357 Bamb_3315 COG2938 1919358 Bamb_3316 gltA 1919351 Bamb_3309 mdh 1919350 Bamb_3308 citE # TF - PdxW2: Bamb_4617 1920653 Bamb_4616 pdxO2 # TF - BPSS1200: Bamb_3694 1919734 Bamb_3693 PF02627 # TF - BPSS0970: Bamb_4005 1920046 Bamb_4006 fdhA2 1920047 Bamb_4007 COG3781 # TF - YdcR: Bamb_4500, Bamb_3927 1921453 Bamb_5419 PF11174 1920536 Bamb_4499 COG0823 1919970 Bamb_3929 cysI 1919971 Bamb_3930 COG3749 # TF - Bamb_3558: Bamb_3558 1919598 Bamb_3557 null # TF - UxuR2: Bamb_1229 1917273 Bamb_1228 mglA 1917272 Bamb_1227 Bamb_1227 1917271 Bamb_1226 Bamb_1226 1917270 Bamb_1225 tas 1917269 Bamb_1224 COG3618 1917268 Bamb_1223 tdh 1917267 Bamb_1222 uxaB 1917266 Bamb_1221 uxaA 1917274 Bamb_1229 uxuR2 # TF - Bcep18194_B0628: Bamb_4443 1920489 Bamb_4451 Bamb_4451 1920488 Bamb_4450 mhpD 1920487 Bamb_4449 COG4948 1920486 Bamb_4448 Bamb_4448 1920485 Bamb_4447 Bamb_4447 1920484 Bamb_4446 Bamb_4446 1920483 Bamb_4445 Bamb_4445 1920482 Bamb_4444 Bamb_4444 1920481 Bamb_4443 Bamb_4443 # TF - EutR: Bamb_4138 1920177 Bamb_4137 PF01019 1920176 Bamb_4136 PF00375 1920178 Bamb_4138 eutR # TF - GguR: Bamb_1043 1919607 Bamb_3566 exuT 1919606 Bamb_3565 agl 1919605 Bamb_3564 omp 1920940 Bamb_4904 pgl 1920716 Bamb_4679 kgsD 1917089 Bamb_1043 gguR 1920712 Bamb_4675 garD 1917087 Bamb_1041 gudD 1922154 Bamb_6123 uxuP 1922155 Bamb_6124 uxuQ 1922156 Bamb_6125 uxuM 1922157 Bamb_6126 uxuF2 1922158 Bamb_6127 mcp 1920713 Bamb_4676 kdgD 1920717 Bamb_4680 gudP 1918263 Bamb_2220 gguT 1918264 Bamb_2221 uxuF # TF - UdhR: Bamb_5235 1921269 Bamb_5234 exuT 1921270 Bamb_5235 udhR 1921271 Bamb_5236 udh