# TF - RutR2: PFL_2545
873184	PFL_2549	pydP
873185	PFL_2550	pydC

873183	PFL_2548	pydB
873182	PFL_2547	pydX
873181	PFL_2546	pydA


# TF - PhhR: PFL_1612
872247	PFL_1612	phhR

872246	PFL_1611	phhA
872245	PFL_1610	phhB
872244	PFL_1609	phhC


# TF - HexR: PFL_4611
875257	PFL_4622	edd
875256	PFL_4621	glk
875255	PFL_4620	gltR
875254	PFL_4619	gltS

875258	PFL_4623	gapA

875246	PFL_4611	hexR

875245	PFL_4610	zwf
875244	PFL_4609	pgl
875243	PFL_4608	eda


# TF - DesT: PFL_0610
872372	PFL_1737	fabA

872474	PFL_1839	plsC


# TF - HexR1: PFL_6160
871146	PFL_0509	aceE
871145	PFL_0508	aceF

876796	PFL_6160	hexR1


# TF - BirA: PFL_5601
876330	PFL_5694	COG1040

876329	PFL_5693	bioB
876328	PFL_5692	bioF
876327	PFL_5691	bioH
876326	PFL_5690	bioC
876325	PFL_5689	bioD


# TF - NrtR: PFL_2464
873101	PFL_2466	pncA
873102	PFL_2467	pncB
873103	PFL_2468	nadE

873100	PFL_2465	nadD
873099	PFL_2464	nrtR
873098	PFL_2463	null


# TF - NrdR: PFL_5523
875111	PFL_4476	nrdA

875159	PFL_4524	nrdB

872577	PFL_1942	topA


# TF - SahR: PFL_5787
876423	PFL_5787	sahR
876424	PFL_5788	metK


# TF - Zur: PFL_0078
875548	PFL_4912	omr

876810	PFL_6174	dksA2
876809	PFL_6173	yciC
876808	PFL_6172	PF08856
876807	PFL_6171	yciC2

876811	PFL_6175	PA5537

876813	PFL_6177	folE2
876814	PFL_6178	znuC2
876815	PFL_6179	znuB2
876816	PFL_6180	znuA2
876817	PFL_6181	hisI2
876818	PFL_6182	can
876819	PFL_6183	pyrC2

876164	PFL_5528	zbp

876812	PFL_6176	amiA

875532	PFL_4896	rpmE2

870715	PFL_0078	zur
870714	PFL_0077	znuC
870713	PFL_0076	znuB

870716	PFL_0079	znuA

874441	PFL_3806	rpmJ


# TF - LldR: PFL_0818
871455	PFL_0818	lldR

871454	PFL_0817	lldP
871453	PFL_0816	lldE
871452	PFL_0815	lldF
871451	PFL_0814	lldG
871450	PFL_0813	dld


# TF - NorR: PFL_5041
875677	PFL_5041	norR

873945	PFL_3310	null
873944	PFL_3309	nnrS

875676	PFL_5040	hmp


# TF - PrpR: PFL_1860
872495	PFL_1860	prpR
872496	PFL_1861	prpB
872497	PFL_1862	prpC

873268	PFL_2633	acnB


# TF - HutC: PFL_0399
871036	PFL_0399	hutC
871037	PFL_0400	hutD

871035	PFL_0398	hutF

871038	PFL_0401	hutU
871039	PFL_0402	COG1457 (CodB)
871040	PFL_0403	hutX
871041	PFL_0404	hutW
871042	PFL_0405	hutV
871043	PFL_0406	hutH2
871044	PFL_0407	hutH
871045	PFL_0408	hisT
871046	PFL_0409	hutI
871047	PFL_0410	hutG


# TF - IscR: PFL_4966
876246	PFL_5610	erpA

875602	PFL_4966	iscR
875601	PFL_4965	iscS
875600	PFL_4964	iscU
875599	PFL_4963	iscA
875598	PFL_4962	hscB
875597	PFL_4961	hscA
875596	PFL_4960	fdx
875595	PFL_4959	yfhJ


# TF - NagQ: PFL_1082
871718	PFL_1082	nagQ
871717	PFL_1081	nagA
871716	PFL_1080	nagB2
871715	PFL_1079	ptsI
871714	PFL_1078	nagE


# TF - GlcC: PFL_2270
872905	PFL_2270	glcC

872904	PFL_2269	glcD
872903	PFL_2268	glcE
872902	PFL_2267	glcF
872901	PFL_2266	glcG


# TF - NtrC: PFL_0377
874865	PFL_4230	amtB2

876656	PFL_6020	glnK
876655	PFL_6019	amtB

876775	PFL_6139	alsT
876776	PFL_6140	ansA

871023	PFL_0386	glnA

873153	PFL_2518	ybdK
873154	PFL_2519	PF04168
873155	PFL_2520	PF01841

871015	PFL_0378	ntrB
871014	PFL_0377	ntrC


# TF - FruR: PFL_0858
871496	PFL_0859	fruB
871497	PFL_0860	fruK
871498	PFL_0861	fruA

871495	PFL_0858	fruR


# TF - RbsR: PFL_2104
872736	PFL_2101	rbsB
872737	PFL_2102	rbsA
872738	PFL_2103	rbsC
872739	PFL_2104	rbsR
872740	PFL_2105	rbsK
872741	PFL_2106	rbsD
872742	PFL_2107	uriH


# TF - ModE: PFL_5695
874047	PFL_3412	modA
874048	PFL_3413	modB
874049	PFL_3414	modC


# TF - LexA: PFL_1949
871915	PFL_1279	dinG

871611	PFL_0975	yebG

875327	PFL_4691	umuD
875328	PFL_4692	umuC

871867	PFL_1231	recA
871868	PFL_1232	recX

870694	PFL_0057	PF04055

874860	PFL_4225	PFL_4225
874859	PFL_4224	PA0922

872733	PFL_2098	PF07867

873834	PFL_3199	PF08774
873833	PFL_3198	COG1199

872584	PFL_1949	lexA
872583	PFL_1948	sulA

871462	PFL_0825	recN

873159	PFL_2524	PSEEN2356
873160	PFL_2525	PSEEN2355

871611	PFL_0975	PF07130


# TF - LiuR: PFL_3933
874570	PFL_3935	aacS

874571	PFL_3936	liuA
874572	PFL_3937	liuB
874573	PFL_3938	liuC
874574	PFL_3939	liuD

874568	PFL_3933	liuR
874569	PFL_3934	liuE


# TF - PsrA: PFL_1950
872461	PFL_1826	null

872575	PFL_1940	fadB
872576	PFL_1941	fadA

876323	PFL_5687	acdH1

872454	PFL_1819	etfB
872455	PFL_1820	etfA

872453	PFL_1818	etfD

874303	PFL_3668	null
874304	PFL_3669	scp

876633	PFL_5997	algQ

871843	PFL_1207	rpoS

872585	PFL_1950	psrA


# TF - RutR: PFL_0730
875007	PFL_4372	tsx

875001	PFL_4366	COG0726
875002	PFL_4367	pucL
875003	PFL_4368	allC
875004	PFL_4369	allA
875005	PFL_4370	COG3748
875006	PFL_4371	pbuT2

871365	PFL_0728	ppuA
871364	PFL_0727	ppuC
871363	PFL_0726	ppuD

871368	PFL_0731	pbuT
871367	PFL_0730	rutR
871366	PFL_0729	COG1739


# TF - VanR: PFL_3473
874115	PFL_3480	vanK

874106	PFL_3471	vanA
874107	PFL_3472	vanB


# TF - PhnR: PFL_4386
875021	PFL_4386	phnR

875022	PFL_4387	phnS
875023	PFL_4388	PF01663
875024	PFL_4389	phnU
875025	PFL_4390	phnV
875026	PFL_4391	phnT
875027	PFL_4392	COG0560


# TF - RutR3: PFL_2447
872524	PFL_1889	xdhA
872523	PFL_1888	xdhB
872522	PFL_1887	xdhC
872521	PFL_1886	guaD

874999	PFL_4364	pbuT


# RNA - yybP-ykoY
875759	PFL_5123	COG2119

873277	PFL_2642	COG1971


# RNA - TPP
871175	PFL_0538	thiC
871176	PFL_0539	cytX


# RNA - SAH_riboswitch
876434	PFL_5798	ahcY
876435	PFL_5799	metF


# RNA - mini-ykkC
875043	PFL_4408	ykkC1


# RNA - S15
871484	PFL_0847	rpsO


# RNA - Cobalamin
873605	PFL_2970	btuB

874290	PFL_3655	null
874289	PFL_3654	null
874288	PFL_3653	chII
874287	PFL_3652	chlD

872875	PFL_2240	btuB2
872874	PFL_2239	cbiW
872873	PFL_2238	btuF2

875066	PFL_4431	btuR
875065	PFL_4430	cbiA
875064	PFL_4429	bluB
875063	PFL_4428	cbiB
875062	PFL_4427	cobD
875061	PFL_4426	cbiP
875060	PFL_4425	cobU
875059	PFL_4424	cobT
875058	PFL_4423	cobC
875057	PFL_4422	cobS

874291	PFL_3656	cbtB
874292	PFL_3657	cbtA
874293	PFL_3658	cobE
874294	PFL_3659	cbiF


# RNA - FMN
875143	PFL_4508	ribH2


# TF - PA2100: PFL_1867
872501	PFL_1866	COG697 (RhaT)


# TF - PP0486: PFL_4913
875550	PFL_4914	benE

875549	PFL_4913	null


# TF - GntR: PFL_4581
875214	PFL_4579	gntT

875216	PFL_4581	gntR

875215	PFL_4580	gntK


# TF - SoxR: PFL_4160
874795	PFL_4160	soxR

874794	PFL_4159	PF03992


# TF - CueR: PFL_0709
871347	PFL_0710	copA
871346	PFL_0709	cueR

871349	PFL_0712	copZ


# TF - CadR-PbrR: PFL_5893
873782	PFL_3147	czcR
873783	PFL_3148	PF00512


# TF - PFL_0254: PFL_0254
870891	PFL_0254	PFL_0254

870892	PFL_0255	omp


# TF - PtxS: PFL_2721
873356	PFL_2721	ptxS

873355	PFL_2720	kguE
873354	PFL_2719	kguK
873353	PFL_2718	kguT
873352	PFL_2717	kguD


# TF - ScrR: PFL_3236
873874	PFL_3239	scrY

873873	PFL_3238	cscB
873872	PFL_3237	cscA
873871	PFL_3236	scrR


# TF - PSPTO5027: PFL_4301
874936	PFL_4301	PSPTO5027


# TF - TreR: PFL_4935
875570	PFL_4934	treP
875569	PFL_4933	treA

875571	PFL_4935	treR


# TF - SdaR: PFL_2433
873067	PFL_2432	COG579
873066	PFL_2431	sdaP

873068	PFL_2433	sdaR


# TF - PA1520: PFL_1883
874999	PFL_4364	PA1519

872518	PFL_1883	PA1520

872336	PFL_1701	gcl
872335	PFL_1700	hyi
872334	PFL_1699	garR

875000	PFL_4365	PA1518

875001	PFL_4366	PA1517
875002	PFL_4367	uraO
875003	PFL_4368	alc
875004	PFL_4369	allA
875005	PFL_4370	PA1513
875006	PFL_4371	PA1507

872337	PFL_1702	PA1503

872674	PFL_2039	PA2938

872488	PFL_1853	PA0476
872487	PFL_1852	PSEEN1659


# TF - UreR: PFL_5348
875983	PFL_5347	dctA
875984	PFL_5348	ureR


# TF - MetR: PFL_4890
874145	PFL_3510	PF08908
874146	PFL_3511	metE2
874147	PFL_3512	PF01613

874297	PFL_3662	metH

875526	PFL_4890	metR

873039	PFL_2404	metE


# TF - PFL_2191: PFL_2191
872825	PFL_2190	PF00583
872824	PFL_2189	PF02525
872823	PFL_2188	PF02627


# TF - PdxQ3: PFL_2406, PFL_4112
874746	PFL_4111	PF01810

873040	PFL_2405	PF00892


# TF - YdcR: PFL_2868
870690	PFL_0053	gadh3
870691	PFL_0054	gadh1
870692	PFL_0055	gadh2

873469	PFL_2834	ccoN

873504	PFL_2869	COG0348
873503	PFL_2868	ydcR

873470	PFL_2835	cysI
873471	PFL_2836	COG3749


# TF - GcvR: PFL_4639
875275	PFL_4640	gcvH
875276	PFL_4641	gcvP
875277	PFL_4642	sdaA
875278	PFL_4643	gcvT


# TF - HmgR: PFL_0966
871602	PFL_0966	hmgR

871603	PFL_0967	hmgA
871604	PFL_0968	hmgC
871605	PFL_0969	hmgB
871606	PFL_0970	COG2814


# TF - PdxR: PFL_0754
873073	PFL_2438	PF00583

871392	PFL_0755	PF03594


# TF - YjiR: PFL_6043
876678	PFL_6042	yjiS


# TF - EutR: PFL_2247
872882	PFL_2247	eutR
872881	PFL_2246	COG1335
872880	PFL_2245	eutB
872879	PFL_2244	eutA
872878	PFL_2243	eutT


# TF - SdaR: PFL_3379
874015	PFL_3380	grtT

874014	PFL_3379	sdaR


# TF - PhrR: PFL_5146
875781	PFL_5145	COG3272
875782	PFL_5146	phrR
875783	PFL_5147	phr
875784	PFL_5148	PF07366
875785	PFL_5149	PF00106
875786	PFL_5150	PF01593
875787	PFL_5151	PF07103
875788	PFL_5152	PF02353
875789	PFL_5153	PF11086

875778	PFL_5142	COG1090
875777	PFL_5141	hemH

872963	PFL_2328	mcp3

872893	PFL_2258	folE
872894	PFL_2259	PSEEN2737
872895	PFL_2260	PF12915

875779	PFL_5143	COG3380
875780	PFL_5144	PF09493


# TF - PdxW2: PFL_6148
876785	PFL_6149	pdxO2
876786	PFL_6150	COG456 (RimI), PF00583
876787	PFL_6151	COG1670 (RimL), PF00583


# TF - LexA2: PFL_3700
874335	PFL_3700	lexA2
874334	PFL_3699	imuA
874333	PFL_3698	imuB
874332	PFL_3697	dnaE2